公司提供谷种，化肥等供农户种植，收割时从农户手中收购大米，然后公司经过再加工销售的会计处理。

运费能否开运费发票，能开按照7%抵扣，cr：原材料——大米（大米金额+运费金额*93%）
管理费用（管理费和补偿费）
应交税费——进项税
——运费（金额*7%）
dr：银行存款
应付账款
结转成本：cr：银行存款
dr：主营业务收入
应缴税费——销项税
cr：主营业务成本
dr：库存商品——大米

化学肥料简称化肥。用化学和（或）物理方法人工制成的含有一种或几种农作物生长需要的营养元素的肥料。

确实会出现这个问题的。