明末农民起义失败的教训同所有失败的农民起义一样，没有远大的战略眼光（如陈胜吴广起义、绿林起义、赤眉起义、黄巾农民起义、隋末农民起义、黄巢起义、太平天国运动），进入北京后，内部发生很大变化。
这次农民战争所以最终失败，主要有下列四个原因：
第一，由于清军入关，满、汉地主阶级逐渐结合起来，整个国内形势起了不利于农民军的变化。
第二，农民军特别是张献忠的农民军流寇主义作风严重，不重视根据地和政权建设。
第三，农民军李自成部的主要将领犯了胜利时骄傲的错误，进北京后，无组织，无纪律，生活腐败。许多将领犯了严重错误，有的将领被胜利冲昏头脑，产生骄傲自满、麻痹轻敌的思想，忽视了地主阶级猖狂反扑的危险。
还滋长了腐化思想，政治上处理不当，军队纪律松弛，战斗力下降，不能抵制金钱酒色的侵蚀，逐渐消失原来的革命意志。只反贪官、不反皇帝也是农民战争的常见的历史现象，农民军领袖李自成也曾自称为建文帝的后裔。
第四，李自成、张献忠死后，农民军内部不能团结，争权夺利，大大削弱了自己的力量。
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失败战役
山海关守将吴三桂终于投向清军。李自成在北京得到吴三桂降清的消息后，即派明降将唐通率二万骑兵出一片石（今河北山海关北），绕道关外以切断吴三桂退路，并亲率二十万大军于四月十三日北上讨伐吴三桂。
清军在接到吴三桂飞书告急后，连夜疾驰，二十一日，清军败唐通部于一片石，随即进入山海关。次日，清军、吴军与大顺军在山海关前对垒，清军统帅多尔衮先命吴三桂军与大顺军交战。
两军酣战至中午，正当吴军被农民军包围难以支撑之时，隐伏于阵后的清军精骑突然从吴军右翼全部出击，猛攻大顺军左侧，农民军顿时阵势大乱，一朝溃散，向北京撤退。清军紧紧跟随，在永平（今河北卢龙）再败李自成。
李自成回到北京后，连兵十八营反击尾随而至的清兵，失利。此时，农民军内外交困，形势严峻，李自成无心眷恋北地，于四月十九日在武英殿匆匆登基后便放弃北京，向西安撤退。
在大顺军撤退途中，清军先于保定、定州（今河北定县）两挫农民军，接着向山西进攻。大同守将姜瓖投降，平阳（今山西临汾）陈永福被俘。全晋落入清军之手。同时，河北、山东大部分地区也被清军占领。
五月初，清军进入北京后，全国军事形势已呈现四分五裂的局面。清方控制着辽东、畿辅、山西、山东等地区，大顺政权管辖着整个西北和山西、河南、湖广的部分地区，张献忠的大西政权正在收取四川的进程中，大明则统治着整个南部中国。
对此，清廷制定了新的军事方针：先“举大兵以收晋豫”，“次第定东南之局”，最后统一中国。清军因而将主要进攻目标转向农民军，对大明暂取不战不和的策略。为此，清廷将国都从沈阳迁到北京，宣告清朝是代明而兴的天下共主。
十月，清军分南北两路进攻大顺军：北路由英亲王阿济格、吴三桂、尚可喜率领经大同、榆林、延安南下，南路由豫亲王多铎、孔有德率领经河南进攻潼关。
同时，肃亲王豪格率领的一部清军业已占领河南、山东一些地方。翌年（1645年）正月，多铎在潼关击败大顺军，李自成率主力连夜撤回西安。
潼关为清军所占，入陕门户洞开。阿济格部清军进入陕北后，以一部分兵力围攻据守榆林、延安的李过、高一功部大顺军，自己领兵南下西安。
自此，李过、高一功部被切断了往西安的退路，被迫放弃陕北，取道汉中，由四川入鄂。在清军两路重兵合击下，李自成不得不放弃西安，取道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。
五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下归顺大明，继续抗清，最后于康熙三年（1664年）失败。
参考资料来源：百度百科-李自成起义
参考资料来源：百度百科-明末农民起义
简单的说,李自成之所以失败,原因有三:
第一是战略上的失误,崇祯十四年是关键的一年,此前一年李自成率众从巴西的鱼腹山杀出,进入河南,得牛金星,宋献策,李岩等人,队伍也由几百人一下子发展到百万之众,攻洛阳,破襄阳,大有席卷天下,包举宇内之势,然而打下襄阳后怎么办,正是在这个战略问题上,发生了致命的失误. 在下一步该怎么走,李自成采取了顾君恩的意见:即先打西安,再攻北京,从而推翻明王朝的战略.可惜,这个战略是错误的,因为首先这个战略没考虑到新兴的清王朝的作用,清王朝从努尔哈赤起已经营了几十年,兵强马壮,后方稳固,进可攻,退可守,是将来的劲敌,显然农民军没意识到这一点,从而在后来吃了大亏.再者,北中国经过长期战乱和受灾,已残破不堪,而且长安也失去了建都的条件,(由于吐蕃的破坏,实际从唐朝后期长安就失去了做为都城的条件,事实上后面朝代没有一个在长安建都的,)其三,江南是明朝的主要赋税来源地,而且也是明的老家,由于矛盾比较小,社会很稳定,老百姓对明王朝有很强的认同感.所以北上并没有点中明王朝的要害,事实是南明王朝的政权还坚持了十八年呢,靠的就是江南的富庶之地.所以说李自成不应该北上,而应该南下.在巩固河南,湖北的同时,扩大地盘,断明军的粮道,东取江南,西取四川,南取湖广,而让明朝做防卫清军的挡箭牌,应学高祖王关中,光武据河内,深根固本以待天下方为上策.待南方平定,再大举北伐,可一战而定.到那时清朝再强大,也不可能灭亡大顺了,最多两者打个平手,各过各的完事.李自成集团主要是由陕西籍的和河南籍的组成,可能是乡土观念重吧,大家都想早点回老家去,因此北上战略受到了大家的拥护,孰不知埋下失败的种子.
第二是政策上的失误,不懂得巩固根据地,建立统一战线,笼络社会中的精英分子,农民军还停留在那种劫富济贫的思想阶段,当时的精英分子无非这么几种人,读书人,有钱人,有名望的人.按马克思主义的说法,阶级矛盾不可调和,实际是可以调和的,毛主席还懂得建统一战线呢,历史也也不乏成功的例子,比如东晋的建立,就是笼络了以王谢为首的士大夫集团才站住脚的,以至于有"王与马,共天下"的说法.至于根据地的建立就更谈不上了,大家想想,从崇祯十四年到十七年,短短三年就经历了成功到失败,可以说时间太短了,形势发展太快了,快得都来不及消化,历史上还没出现过三年就能把诺大一个中国拿下来的事,从根子上来讲,李自成集团还是没摆脱"流寇主义"的思想.以至于失败后,造成的影响很小,大家都知道"反清复明"的口号很响,谁还说过"反清复顺"呢?
第三是当皇帝当的太早了,皇帝当早了只有坏处没有好处,容易处于众矢之的,有了坏事都往你头上推,有了麻烦都找你解决.尤其是在周围还有很多敌人存在的时候.历史上好多人都懂得这个道理,然而李自成不懂.早年周文王三分天下有其二,尚且服事殷,不是他谦虚,而是不到时候.孙权劝曹操当皇帝,曹操就说:"是儿欲使吾居炉火上耶",朱元璋的九字真言中也提到了"缓称王",再看近代,毛主席的"深挖洞,广积粮,不称霸",也是这一思想的延续,邓小平也说,"第三世界的头我们不能当,一当主动就都没了",英雄所见略同,古今一理.而李自成呢,一打下西安来就匆匆忙忙的称帝了,其实当实他控制的只有湖北,河南,陕西三个省,也只是军事占领,从这点来看,李自成实际上是"器小",孔子说,"君子不器",他没能做到这一点.
当然,还有其它原因,比如说骄傲情绪啦,没有诸葛亮式的人物啦,这些都不是主要的,实际北上方针一定,则李自成败局已成. 既使山海关一战不败,那么大顺北有满清,南有南明,西有张献忠,东有吴三桂,即会陷入四面做战的窘境,日子也不会好过,失败是迟迟早早的事,所谓"一招棋错,满盘皆输".说的就是这回事.
没有先进的革命思想，只有家天下的改朝换代，这是注定要失败的根本原因。当然他也占领了北京，也坐了几天龙椅，在这样的情况下还导致失败，那就是推翻明政权后采取了错误的政策与方略，骄傲自满，迅速地腐化，不仅失去民心，还导致吴三桂完全与新政权对立，纵满入关，军无战心，最后败逃，在九宫山被杀。还是农民对国家对政权的狭隘认识，使其能通过暴力夺取权力，但却没有经验，没有远见卓识来稳固政权管理国家。郭沫若《甲申三百年祭》总结了失败的教训，总之中国历代的农民起义都是家天下的更替，没有抛弃封建帝王意识建立新型国家的理念，怎么也超不出时代的局限。
李自成（1606年—1645年），原名鸿基，明末农民起义领袖，世居陕西米脂李继迁寨。童年时给地主牧羊，曾为银川驿卒。1629年起义，后为闯王高迎祥部下的闯将，勇猛有识略。荥阳大会时，提出分兵定向、四路攻战的方案，受到各部首领的赞同。高迎祥牺牲后，他继称闯王。
当时中原灾荒严重，社会阶级矛盾极度尖锐，李岩提出“均田免赋”等口号，获得广大人民的欢迎，部队发展到百万之众，成为起义军中的主力军。1643年在襄阳称新顺王，并在河南汝州歼灭明陕西总督孙传庭的主力，旋乘胜进占西安。次年正月，建立大顺政权，年号永昌。不久攻克北京，推翻明王朝。四月，多尔衮率八旗军与明总兵吴三桂合兵，在山海关内外会战李自成。李自成战败，退出北京，率军在河南、陕西抗击。1645年5月17日，在湖北通城九宫山元帝庙遭村民误杀。
传统观点无原则地推崇农民起义，把历史上的农民起义领袖都看作推动历史进步的大英雄。由于李自成的农民军占领京城直接推翻了明王朝的统治，所以李自成的“业绩”更得到历史学家的推崇。但威名赫赫的李自成只在京城维持了一个多月即迅速败亡，许多学者都为李自成惋惜。哪些错误导致李自成最终成为悲剧人物？
不知道笼络明朝势力，李自成出身于驿卒，在他的头脑中，也许明朝皇室已经完全丧失了正统地位，没有任何利用价值了！他根本不了解，延续了276年的明朝帝王在官僚和百姓中还有很大的号召力！
从宏观历史看，李自成所率领的“贫民起义”势力，与最终推翻了统治王朝的反秦起义、反莽起义、反隋起义、反元起义中的势力根本不同，而与黄巾起义、黄巢起义和清朝后期发生的洪秀全起义颇为相似。唐末黄巢起义尤其与李自成起义的情况相似。虽然黄巢也攻占了唐朝的京城长安并建立大齐政权登基称帝，但他也没能维持政权，而是很快败亡。从表面看，黄巢没能推翻唐朝而李自成却直接推翻了明朝，李自成的成就似乎更大一些，但这完全是由于在东北崛起的满清政权对明王朝也构成致命威胁，崇祯皇帝本人也刚愎自用，不愿意离京避祸以观天下之变。从这一角度看，李自成起义并没有多大特殊的研究价值。
利用公共产品原理，我们可以把历史上“农民起义”划分为两大类。一类是只有贫苦农民参加的起义，称为“贫民起义”；另一类是由社会各阶层参加的起义，称为“社会起义”。“贫民起义”的参加者都是由于天灾迫使他们无法生存，必须用非法的暴力手段“谋生”，所以必须破坏当时的社会秩序。历史上的黄巾起义、黄巢起义、李自成起义、洪秀全起义都是如此。“社会起义”要么发生在由兼并战争建立不久的王朝，例如反秦起义、反隋起义、反元起义，要么发生在内部篡位王朝，例如反莽起义。在兼并王朝统治时期，国家各部分的“融合度”较低，皇帝在被兼并地区也不具有多大正统地位，而篡位王朝的皇帝则在全国都不具有正统地位，所以很容易引起社会各阶层（包括官僚、地主阶层的许多成员）的反抗，形成“社会起义”。这类起义的领导者都力图建立新的统治秩序，所以都能够利用原有社会中的官僚地主阶层（阶级）。
“贫民起义”和“社会起义”的最大区别是，在“贫民起义”中地主阶级是支持王朝或直接参加镇压（起义）的，而在“社会起义”中地主阶级却是支持起义或是直接领导起义的。结局当然也截然不同：“贫民起义”总陷于失败，而“社会起义”却总是推翻了原有王朝，建立了新的王朝（有兴趣的读者可在网上搜索文《中国历史循环之谜新解》）。
李自成起义完全符合“贫民起义”的特点，它的参加者都是在天灾打击下无法生存的农民，其行动是破坏社会秩序而不是建立社会秩序。借用毛泽东的话来说，就是他们善于破坏旧世界，但是却无力建设新世界，所以他们的失败就完全是必然的。
贫民起义领袖并不代表历史前进的动力，李自成也毫不例外。李自成的特殊性也许在于，他本人有良好的个人品德——与张献忠相比，他并不是嗜杀成性的暴戾之徒，所以历史资料中多有他得到部下和人民拥戴的记载，官书的《明史》也称赞李自成“不好酒色，脱粟粗粝，与其下共甘苦”。但既然李自成并不亚于刘邦、朱元璋等帝王的个人品质，那么他的失败就不是个人的悲剧，而是历史条件使然。
李自成失败的主要原因，在于政治举措和战略部署上的两个致命的失误，没有对全国形式有清楚的认识，在李自成攻破北京城，灭亡明王朝之后，仍然在所统领的辖区内继续实行打击官绅地主的追赃助饷政策，从而把大批倒向自己的汉族官绅阶层推向满清贵族势力，李自成没有清楚的认识到谁才是同自己争夺天下的主要敌手，山海关的防守关乎到大顺政权存亡的命运。从中也能反映出以李自成为首的大顺政权的领导人缺乏战略眼光。而历史也曾经给过李自成为首的大顺政权统一全国的机会，可叹的是处于十字路口上的大顺政权在关键时候跟不上天下形势，没有拿出正确的政治及军事上一个的举措，从而陷于茫然失措的境地，而接踵而至的是以满清贵族为首的政权窃取了农民起义胜利的果实，在满清政权稳定后在被发左衽的国策上，也激起了各民族抗清热潮的爆发，历史也进入新的篇章。部分引用于《南明史》第一章第二节原句
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