what should I do和 what I should do的区别

二者用法不同。
what should I do？是一个独立的特殊疑问句，用于询问。
what I should do不能独立作为一个句式，主要用于句子中的动词后面组成宾语从句。比如，I want to know what I should do next（我想知道接下来该做什么）。并且在类似宾语从句中，从句的语序不能变为疑问句的语序，只能按照正常陈述句的主谓语序。

What should I do? 这是个句子，译成“我应该做什么？”
What I should do 这是个短语，译成“我所应该做的”
比如：What I should do is to work hard. “我所应该做的就是努力学习。”

what should I do 我该怎么办 是正常的特殊疑问句
what I should do 用于从句中 要用陈述语序

第一句是特殊疑问句 可直接用 译为我应该做什么
第二句是陈述语序的短语 而非句子 不可单独用 需放入从句中
eg ：I know what I should do （宾从）
It is important to know what I should do （主从）

前一句是一个问句，换句话说，是应该带“？”的
后一句中的what是兼词，就相当于“something that”+从句，如果放在句首的话，那么就是做主语，如果放在动词之后，那么就是一个宾语从句，在句中充当宾语的功能

前句是疑问句，后一句是陈述句（用来当宾语从句）