从你的句子中分析，应该是它有60多个专家课题图书馆和 一个大学图书馆。因为你的原文中是说 “as well as the University Library “ ，是单数，而且大写了，说明是特指这一个图书馆。 as well as 连接两个并列结构，前面有数词，后面应该也会有，不会造成重复。而且你的句子里“University Library”前面还有the，说明本来就没有数词，就是一个特指的图书馆。
除了大学图书馆外，它还有超过60个专题图书馆。它的大学图书是专利图书馆，它收藏了每一本在英国出版的书。
是前者，即“60多个专家课题图书馆和60多个大学图书馆”，原因是关键短语“as well as"-和……一样
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