1.起始复合物形成所需的蛋白质因子的差异
原核生物起始因子主要有IF1,IF2,IF3等3种，而真核生物就目前所知，起始因子就有9种左右，其中eIF2由3个亚基组成，而elF4按其参与复合物的作用不同区分为4A,4B,4C,4E,4F。而形成的复合物4F称为帽子结构因子elF4E与mRNA帽子结构结合。
2.起始复合物形成过程的次序差异
真核生物蛋白质合成德尔起始过程分为三步：43S起始复合物的形成；48s起始复合物的形成和80s起始复合物的形成。
1）43s起始复合物的形成
小亚基40s核糖体首先与起始因子elF3和elF4C结合生成43s核糖体复合物，然后再与elF2•GTP•Met-tRNAi复合物结合形成43s前起始复合物。而原核生物在起始因子IF1、IF2、IF3和GTP促使下形成复合物后，与mRNA结合生成复合物再与fMet-TrnafMet
结合生成30s前起始复合物。
2）48s起始复合物的形成
真核生物43s前起始复合物与mRNA结合成48s前起始复合物。mRNA复合物含有CPB1,elF4A、elF4B和elF4F。在有ATP条件下，这些因子一起生成复合物。原核生物无此步骤。
3）80s起始复合物的形成
48s前起始复合物生成后，在延长因子elF5作用下，释放出elF2
•••••GDP
•Pi和elF3,elF4C,接着60s大亚基核糖体便与小亚基结合而生成80s起始复合物。
3.肽链延长和终止过程
真核生物蛋白质合成过程中的肽链延长，由延长因子EF1α、EF1βγ作用下进行的。EF1α与GTP，氨基酰-t
RNA形成复合物，促使氨酰-t
RNA进入核糖体。EF1βγ催化GDP与GTP交换，利于EF1α循环利用。而移位是由EF2作用进行的，相当于原核生物的EF-G，它催化GTP水解和驱动氨基酰-t
RNA从A位移到P位。
终止过程由释放因子RF识别UAA或UAG或UGA终止密码。它使肽酰基转移酶变构成具有水解肽酰基与t
RNA之间的酯键，释放出新合成的肽链，在终止过程中需GTP供能。而原核生物的终止密码分别由RF1和RF2识别。
真核生物和原核生物蛋白质合成的肽链延长和终止过程非常相似，除因子的种类和名称不同外，没有更明显的差别。
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