trojan generic.3964916，用360把好多EXE文件都隔离了，导致很多软件无法用，应该怎么杀毒又不隔离文件？

建议你下载个360杀毒2.0版，把病毒库更新到最新，然后再安全模式下做个全盘扫描。如有病毒或木马，立即处理，完成重启计算机。
用360安全卫士8.0正式版。打开360安全卫士软件——点击系统修复，扫描后点击右下角的“一键修复”——点击清理插件，如有恶评插件把前面的勾选上。点击右下角的“立即清理”---在清理系统垃圾。---在清理系统垃圾。——再点击查杀木马，使用全盘扫描功能，如发现有威胁的程序，请点击右下角的“立即处理”。

在你扫描后要文件添加信任，就不会了

这个可能是感染性病毒，不能轻易删除，你找360系统急救箱试试，单击“开始系统急救”系统引擎初始化完成后，单击“修复”，勾选需要修复的类型，然后单击“立即修复”，完成后重新启动电脑。

trojan generic.3964916这是一个木马病毒，用于盗窃用户的账号和密码，用杀毒软件扫描删除即可。如果无法删除，说明病毒正在运行，无法查杀。
建议如下方法处理：
1、下载360系统急救箱最新版打开后查杀木马
2、全盘查杀后再打开360系统急救箱——修复——点立即修复——重启电脑——刷新桌面
3、若一次不行，反复重启电脑多操作几次，或者进入安全模式