《国家农业综合开发部门项目管理办法》第二十条规定，中央农口部门应于每年上半年，通过发布下一年度项目申报指南以及推行项目招商或项目招投标等多种形式，在较大范围内择优选项。
《国家农业综合开发部门项目管理办法》第二十一条规定，申报部门项目应提交可行性研究报告。可行性研究报告的格式与内容，由中央农口部门参照国家农发办关于编制地方农业综合开发项目可行性研究报告的要求确定。
《国家农业综合开发部门项目管理办法》第二十二条规定，部门项目由基层农口部门会同同级财政部门逐级向上申报。省级农口部门会同同级财政部门对项目可行性研究报告初审后，按申报要求和超过当年投资规模的一定比例，于项目实施年度上一年6月底前联合向中央农口部门申报项目可行性研究报告（属国家农发办评估审定的项目，其可行性研究报告应同时报国家农发办）。
未按要求进行联合申报或越级申报的项目，不予立项。
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