每个人物都有技能，增加换枪系统和抛弃枪系统。PS2还有任务模式。能够任意选关卡。
本作还加入了两个新系统。“武器存储系统”，是指玩家获得武器之后，只要不死、不将子弹打光就可以将该武器存储起来继续使用。“Rush Blast”系统，随着打倒敌人会不断增加画面下方的槽，最多可以攒到4个槽，每加一个槽打败敌人的分数会依次增加，依次为2、4、8、16倍。攒到4个之后，槽会开始慢慢减少，此时打死敌人后分数为16倍，并且敌人会不停地掉金币。使用不同的武器增加槽的速度有所差异。
本作的按键除原有的攻击、跳跃、投弹之外，还新增加了两个按键。两个按键分别与攻击键、投弹键组合可以进行近身攻击和扔掉手中所持的武器，还可以进行武器的变更。
此外本作还搭载“鉴赏模式”，《合金弹头》系列的设定原画、BMG等将囊括其中。
和五差不多，比起前面的多了2H
跟合金弹头5差不多
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