蓝藻细胞内的原生质体分化成周质和中央质两部分。周质位于细胞壁的内面中央质的四周，其光合作用色素如叶绿素a、藻蓝素和藻红素等就存在于周质的光合片层中（光反应在此发生）。暗反应就发生在周质（细胞质基质）。
光合膜 细胞质基质
蓝藻细胞光合作用的光反应和暗反应场所都在细胞质中，只不过光反应是在细胞质的光合片层上进行，而暗反应则在细胞质中进行。
