我有2组数据a1=1，a2=3，a3=5,a4=7,a5=9,a6=11 b1=2,b2=4,b3=6,b4=8,b5=10,b6=12

哈哈，类似写法啊。只需要把表达式字符串变一下。
要生成矩阵，你需要的是这样的格式： c1=[sin(a1),sin(b1);cos(a1),cos(b1)];
所以把程序改为：
for j=1:6
variable_name=genvarname(['c',num2str(j)]); %生成变量名，c1, c2,...c6
string=strcat(variable_name,'=[sin(a',num2str(j),'),sin(b',num2str(j),...
');cos(a',num2str(j),'),cos(b',num2str(j),')];');
eval(string); %再把这个表达式用eval执行
end

矩阵？是指C2显示一个2*2的矩阵数组？还是想只是单纯的显示成四个数组?
以你的例子,C1格到底应该显示什么、？

设第一个的公差是d1，第二个公差是d2
则a5-a1=4d1
b5-b2=3d2
a1=b2,a5=b5
所以4d1=3d2
d2/d1=4/3

所以b6-b1=5d2
a3-a2=d1
所以原式=5d2/d1=5×4/3=20/3