菌种，多是指国家指定的几个菌种保藏中心的成品菌种，在液氮状态下，盛放在安瓿管中。
企业生产按国家要求，必须要国家指定的菌保中心购买菌种，不得采用外来菌种。
一些分装企业多选择有扩繁能力漏瞎的企业生产的高浓度的成品菌剂，用以添加勾兑。比如说，可以选择天创生物出品的高浓度菌剂用察搜敬以分装做成所需败慎的成品。这种称为“菌种”的说法，多流通于各企业之间。
菌种的概念 原意是指孢子(相当于基乎植物的种子) ,但在实际生产中,常将经衡碧过人工培养的纯菌丝搏拦悉体连同培养基质一同叫做菌种.
黑木耳菌种的优劣是黑木耳生产成败的关键之一，菌种相当于农作物差余的种子，但又有不同，前者是有性繁殖，而黑木耳接种繁殖过程是无性繁殖。菌种的定义是：菌种是供繁殖接种用的菌丝栽培物，是正在不断生长的菌滑庆亏丝信神体。
菌种根据使用的培养基不同和用途的不同，一般分为三级：一级种（母种）、二级种（原种）、三级种（栽培种）。
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