毕业两年，户口档案还在学校，该如何操作及保留干部身份

回原籍的话，在当地的人才市场办理人事代理，转正定级手续就可以了，你还是干部身份；
你也可以把档案、户口放在学校所在地的人才市场，办理人事代理手续，转正定级。

你没按正常程序走操作起来比较麻烦，很可能就转不了干部身份了，因为大学毕业两年内要做转正定级的，超出两年就算放弃了。但你可以试着挽回一下，你手里还有三方吗？要没有看能不能从学校要一个，让以前单位帮你签了，哪怕签到09年6月，签到你毕业两年之内。重新做转正定级。以前单位要不帮忙或是让那个教委人才帮忙找下属单位代签一下，看能不能帮做了转正定级，我个人觉得就是多花二三百块钱也是值的。

正常你的档案学校可以委托人才市场代管你的档案，本地户口免费2年，外地户口免费一年，超出后需要缴纳一定的保管费。档案要是在学校的话，超出2年就会被打回原籍。
考公务员和评职称跟档案有关系吗？你怎么是干部身份呢？这个我还真不太清楚！
只要你的档案有固定的地方（不在自己手），不影响正常调档就不会影响你

可以把户口所在城市的人力资源市场（人才市场），系挂户（期限2年）；党组织关系也可以迁出学校，需挂在人才市场（你的户口所在地）所在辖区的街道党委（总支），要先在学校党支部开介绍信，不然当地的街道不会接纳你的党组织关系。

户口迁回原籍 你不会是农村户口的
档案放人才中心 满一年办理转正定级手续就可以获取干部身份了。