说来复杂了！！！你这种属于典型的兼营行为。简单说既又有增值税业务也有营业税业务，且两项业务完全独立，不包含于一项业务中。税法规定，兼营业务按照公司主营业务情况决定缴纳增值税或营业税，比例按哪项业务占公司主营收入50%以上。
按照税法规定，若不能分开核算，则统一按照主营业务缴纳增值税或营业税。若可以分开核算，则分别按照应税项目各自缴纳。
但实际中，一般国地税机关很难分别给你核定两项税种。都是按照不能分开核算只给你定一项税种。这样便于管理和发票使用。
以你描述情况，你以软件开发和销售为主营业务，办理国税税务登记，缴纳增值税。所以一旦发生你所说的转让著作权或服务业营业税业务，一样按照增值税3%缴纳税款。但不得像你说的开具“软件维护”发票。
折中办法是你可以到地税机关申请代开营业税业务发票。
销售计算机软件属于销售货物，软件维护也是属于对货物的修理修配，都应当征收增值税，不征收营业税。增值税发票（包括普通和专用）都可以开软件维护。
想做双软认证不？ 两免 三减半
属于营业税的范畴，你消停些吧。
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