不会影响到港澳通行证的办理，其实办理港澳通行证对户籍以及身份证的归属地要求并没有特别严格的限制，只要是我国公民没有不良记录就可以申请办理，但可能户籍所在地不统一还是会影响你其他事情的办理，建议你去现在大学所在地的派出所申请办理新的身份证。希望对你有帮助
到户口所在地派出所办理，就是在你大学所在地派出所，同时也可以申请重新办理身份证，不办理也不影响通行证的办理和使用……
