这个违反会计法，不能入账的。
合同是交易的凭证，汇款是交易的履行，发票是交易中付款的法定凭证
这些不能对应起来，财务上会有问题的。
会麻烦一些。我做工程时也遇到过你这样的问题，主要是看财务把关的人了，最好是修改下购销合同，万一税务查起来的话也好应付。
我个人认为有两种方式处理
一、直接以B公司发票及汇款单据做账，就注明是向B公司购买货物，合同不附在发票后面，这种方式较为简便，但有风险存在。
二、再签一份补充协议（三方均签字盖章），在补充协议中注明A公司、B公司分别承担的权利和义务，当然要B公司盖章。再以合同、补充协议、发票等做账。
根据实质重于形式原则，你的业务实际上是已经发生了的，钱也付出去了，应该是要入账的，你纠结的应该是不知道账应该做在A公司头上还是做在B公司头上。不知道你之前有没有记“应付账款——A公司”,如果没有的话，凭证上面应该是体现不出钱付给哪个公司的吧。如果有的话，照我们公司的做法就是自己写个说明，然后做凭证把应付账款冲掉。
可以
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