DNA-DNA杂交，该技术被认为是细菌分类和鉴定的“黄金法则”，主要方法如下：标记法、吸光度法、荧光强度法等。
16SrRNA法：细菌核糖体的RNA有三种类型，(23S、16S、5S)rRNA，其中16S被认为作为生物系统发育和分类指标最为合适。
细菌核心基因（看家基因），包括gyrB、rpoB、groEL、recN等。
