1.综合性、个体化处理原则：包括营养、支持、心理及对症处理;内、外科医师共同会诊以确定内科治疗的限度与进一步处理的方法。
2.掌握好分级、分期、分段治疗的原则：如诊断标准所示，分级指疾病的严重度，分为轻、中、重度，采用不同药物和不同治疗方法;分期指疾病的活动期和缓解期，活动期以控制炎症及缓解症状为主要目标，而缓解期应继续控制发作，预防复发;分段治疗指确定病变范围以选择不同给药方法，远段结肠炎可采用局部治疗，广泛性及全结肠炎或有肠外症状者则以系统性治疗为主。
3.参考病程和过去治疗情况确定治疗药物、方法及疗程，尽早控制病情，防止复发。
4.注意疾病并发症，以便估计预后、确定治疗终点及选择内、外科治疗方法。注意药物治疗过程中的毒副作用，随时调整治疗。
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