常见的病原菌都可以进行初步检测。金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、化脓性链球菌；淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌。
染色镜检只能给出病原菌鉴定的大致方向(比如判断球菌还是杆菌、菌体大小形态、革兰氏阴性还是阳性)，说成是“初步诊断”实际上并不合理。特殊部位采样的染片可能可以诊断一些细菌的感染，比如尿道分泌物检出革兰氏阴性双球菌可以判断为淋球菌感染，而多数情况下只能通过染色得知进一步检验的方向后进行详细的鉴定才能明确具体是什么细菌。
