我们公司都是自己在网上认证的,进项发票丢失了,那对方给我的存根发票复印件还需要拿到税务局去认证吗?

上面给的法律依据已经相当充分了
实际上你自己网上认证也能通过，但是事后在检查过程中如果发现你这张发票没有经批准就自行抵扣了，会要你转出的，而且还可能涉及罚款。
当然也可能存在没有查或没查到的情况，但是劝你还是去税务局办理相关手续的好（怎么办理上面的条文已经说得很清楚了），不然会留下隐患。

关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票

1.纳税人丢失防伪发票,认证过的,可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”,经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额.

2.未认证的,购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到
主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
(说简单些,就是拿那复印件再去认证,其他同)
参考资料：[税务政策]关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票

需要认证