首先你要确认你的linux的环境是否安装正确了。 makefile 是linux下的 使用make命令来编译。
你可以在你自己的机器上编译好，然后移到linux下的tomcat或者JBOSS下，运行以后看下日志看出什么错，再对症下药
makefile 主要是针对gcc编译器设置的。不支持现象应该是你在编码的时候没有考虑到两个系统间的差别，比如说：你要读取本地资源，没有采用java.io.File.separator 分隔等。
这个。。。
你用的什么服务器？Tomcat？还是其它？
只要你在Linux上将需要的组件都安装上，跟Windows下开发时一样就可以了，如果不支持就是你的Linux下JDK环境跟Windows下不同或没安装正确；
另外，你可以在Windows下打包好了直接到Linux上发布的，用不着到Linux上再编译
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