云南黄连为多年生宿根草本，植株寿命长达10年以上。花序轴通常在每年1月至2月从根茎顶端总苞中抽出，20天至25天内长至离地面不超过10厘米高，在花序轴长高后的10天左右，幼花成熟，花期约15天。
云南黄连每个顶芽分化为一个花序或两片幼叶或两条黄色的营养繁殖体，而腋芽只长出觅养枝或幼叶。从顶芽和腋芽生出的觅养枝顶端又着生1个花序或一至两个营养芽，节部生须根并再长出新的觅养枝，由此沿地面枯枝落叶层或腐殖质层匍匐漫延。
觅养枝节间长1.15米至2.15米，从一个腋芽生出的觅养枝可在离母株根茎0.3米的范围内构成多分枝无性系。其中最长可分化为12个觅养枝，离母株最近的2个至4个节间木质化或半木质化为棕褐色根状物，着生须根的节部膨大成球形或椭圆球形，其上的腋芽又散生出新的觅养枝。
只有在整个营养繁殖体系最末端的觅养枝顶端才萌生出土幼叶，自然条件下觅养枝极少与母株发生断裂。
黄连的果实
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