对于这个问题，我想，是因为她和小兰很像的缘故。
柯南在明美出门之前，就已经警告过她，要她不要出去，会有危险，但她执意要去，柯南已经能够猜想到结局。当他赶到时，明美真的已经奄奄一息，这样的作风，很想组织的作风，我想，就算他不清楚全局，也应该有所察觉，面对明美，就像面对能够看得穿自己的小兰一样，所以，他不用有所隐瞒，因为就算说自己是江户川柯南，她也不会相信，一个6岁的孩子能够超越诸多成人，预先推理到自己将遭受意外。可以说，这时的明美，是小兰的缩影。
当然，还有一个原因，就是柯南作为侦探，或者说是一个完美主义者的自尊不允许罪犯在他面前死去，所以当明美即将离世，他将这一切都归结为自己的没有能力、造成这样的疏忽是自己的不对，告知对方自己的身份，也是对她的一种告慰吧！
当然，以上纯属个人推断，请楼主参考！
1：因为明美是一个和小兰一样的天使，并且被组织害死了。柯南他没必要对一个快死的天使说谎，柯南不会在别人已经快要死的时候还说谎，死了的人是不会说出秘密的。并且，在绝望的‘小兰’面前柯南怎么忍心说谎。
2：柯南在饭店杀人事件后就开始怀疑宫野明美是黑衣人的伙伴，所以就到宫野明美的家。却被她发现。在宫野明美出去后他把发信器粘到她的车上。在宫野明美被黑衣人枪击之后，柯南赶到，想用工藤新一的身份，叫她说出自己的身份。可是为时已晚，宫野明美只给他一串钥匙·····
3：因为调查中柯南发现明美是被人利用的，一方面确实因为她快死了，另一方面明美知道会被杀还是愿意去，明美死前问他到底是谁，是真真切切想知道的，可能出于怜悯他就说了。（或者是他觉得明美肯定是有“背景”的，一般人绝不会把揭露组织的事情寄托在小学生身上的，刚好明美的妹妹就搞过可以变小的药，他自称工藤新一，也就误打误撞的被明美相信了，套出了有关组织的事。）
4：因为感觉她是个好人，自己却救不了她，后来柯南自己不也说，“让我想起那件悲伤的事情，那件让我不愿想起努力忘记的案件。”所以他觉得自己没能救她。况且这时明美快死了，没必要瞒她吧 。
5：因为宫野明美很善良，而且她快死了。 灰原哭是因为她和姐姐相依为命。 他为自己是侦探感到骄傲，让她死的安心，告诉她：钱会处理好的，不用担心抢匪再破坏。
6：一个小男孩就有那种超出与常人的思维和推理能力
而且明美也是在黑衣组织待过的 这点小小的观察力还是有的吧
也许是因为柯南君觉得明美不算是个坏人呢！百度地图
我认为有两个原因
a新一一直都是以柯南的身份对别人说“我叫江户川柯南，是一个侦探”其实他也很想说他是新一，只是他变小了不能说，现在明美要死了，她知道她死了也不会说出他的身份，所以不用担心明美会说出去，而且他也认为明美并不坏，所以告诉了她真实的名字算是回报她对他对他的信任。其实tv版和书有出入，书早在第二本里（tv版叫奇怪的寻亲事件）那个故事就写了广田雅美（宫野明美）得出场，她也是在那及直接在码头被黑衣人杀的，而tv版有奇怪的寻亲是一集，这几女的是路人甲。后面有一集是“十亿元……”什么的，记不得名字了，就是将一个运钞车被劫，其实就是在银行打工的明美做内应，后来被黑衣人杀了。不过不论是哪一版本都有些黑衣人杀人。书上黑衣人真是出场，说出了她就是宫野明美。所以柯南说他是工藤新一后，明美把黑衣人的事告诉了柯南。
b书上没有讲明美知道组织，但tv的感觉她应该多少知道组织部简单，73之所以让柯南说出他是新一，应该是想为后面做铺垫，顺利带出灰原，我想明美早就知道柯南是新一，就像灰原知道柯南是新一一样，她们都不坏所以没揭穿他，明媚还挺“喜欢”新一，所以然灰原去找他，他说出了他是新一，也算给明美，也体现他的新一的伟大，有点一个秘密交换一个秘密吧。新一告诉他他的真实身份，明美告诉他组织的事！
个人见解，不明白我再告诉你吧。柯南不论书还是tv我前前后后都看了有20多遍。
问题补充：
首先感谢大家的回答
但是 请大家去复习一下吧 在柯南告诉明美自己就是工藤新一的时候 柯南还不知道明美就是 黑衣人的成员 更不知道明美是被谁所杀的
还有 柯南知道小哀是明美的妹妹的时候是在大学教授被杀事件最后 小哀哭着问柯南 “你既然有这么强的推理能力 为什么不救我姐姐” 这个时候柯南才知道小哀的姐姐是明美 大家 去复习下吧... ...
ps：
白痴！！你是在考验我们的能力吗？好，我告诉你：因为柯南知道了有幕后黑手这个真相，怕有人会对广田雅美不利，而自己却没有救到广田雅美，对于一个因自己的疏忽而受害的人，柯南已不愿欺骗她，当广田雅美问自己“到底”时谁的时候，柯南只能说出真相。（回答你问题的人都是对柯南喜爱的人）
因为柯南无与伦比的推理能力和行动力已经让明美有所察觉，而其在明美犹豫是否打入银行内部时，灰原哀（宫野志保）和明美提过柯南（新一）。她问了一句你到底是谁，柯南也不忍心就告诉了她
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