果树征收补偿一般按照政府文件以及当年的果树市场进行估价，当年的按照苗木价，多年的则按照直径、高度、宽度进行估价。但是各地区的青苗补偿标准都不一样，每亩多于规定棵数的按标准计补，少于规定棵数的则按每棵树对应的单价和实际清点棵数计补。
法律依据：《国务院办公厅关于健全生态保护补偿机制的意见》 （十二）完善重点生态区域补偿机制。继续推进生态保护补偿试点示范，统筹各类补偿资金，探索综合性补偿办法。划定并严守生态保护红线，研究制定相关生态保护补偿政策。健全国家级自然保护区、世界文化自然遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园和国家地质公园等各类禁止开发区域的生态保护补偿政策。将青藏高原等重要生态屏障作为开展生态保护补偿的重点区域。将生态保护补偿作为建立国家公园体制试点的重要内容。（国家发展改革委、财政部会同环境保护部、国土资源部、住房城乡建设部、水利部、农业部、国家林业局、国务院扶贫办负责）
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