住持:是每个寺院有一个,来掌管寺院一切重要事务的.由当地佛教协会任命.相当于公司的总经理.
方丈：不是每个寺院都有，或许一个佛教圣地只有一个，或许有多个，也可能没有，方丈是学佛在二十年以上，对佛教有很大贡献，由中国佛教协会任命的．相当于公司的董事长．
【方丈】
一丈四方之室。又作方丈室、丈室。即禅寺中住持之居室或客殿，亦称函丈、正堂、堂头。印度之僧房多以方一丈为制，维摩禅室亦依此制，遂有方一丈之说；转而指住持之居室。今转申为禅林住持，或对师父之尊称。俗称“方丈”或“方丈和尚”。
FROM:【佛光大辞典】
【住持】
‘住持’之语义为‘安住之、维持之’。原意指代佛传法、续佛慧命之人，后乃被用来指称各寺院之主持者，或长老。此词用在寺职称谓时，又称寺主或院主。日本佛教界称之为住职。由于住持之住处称为‘方丈’，故‘方丈’一词亦被引申为住持之意。
一般情况下只要有寺庙就有主持，而方丈必须是上规模的寺庙群才能有。并且方丈可以兼任多个寺庙，而主持则不能。
一般来说，方丈必须由所在省的宗教管理部门和佛教协会任命才能生效。
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