043集 江户川柯南诱拐事件（得知柯南是新一，是阿笠博士告诉二人的）
剧情简介：某日，一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向…
以下是优作和希子同时出场集数——
99集~102集 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件（特别篇）
剧情简介：九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。
154集 上野出发北斗星3号（上篇）
剧情简介：柯南，小兰和小五郎一行三人搭乘开往北海道的特快列车北斗星三号，在通过隧道的时候珠宝商人出云被人枪杀，凶手将车窗射穿跳出车外逃跑，之后警方又在隧道之中发现了疑似歹徒的男人，这宗命案的过程简直跟柯南的爸爸工藤优作一篇未发表的推理小说一模一样，期间一个言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的谎言后，她终于暴露了身份。
155集 上野出发北斗星3号（下篇）
剧情简介：原来这名行迹可疑的女士是柯南的妈妈有希子，她将此行的目的告诉柯南后，大家就一起聚到休息室听小五郎的推理，期间，警察在隧道里浅间的尸体上发现了胶带碎片，突然灵光一现，柯南知道了谁是凶手以及他的犯案手法，却苦于没有证据，按照小说的剧情，柯南还有被杀的可能，苦恼之时，有希子提议干脆将计就计让凶手自己现身，于是一场揪出凶手的好戏上演。
208集 危命的复活 约定的场所
剧情简介：虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？
359集 相似的两位公主（后篇）
剧情简介：藤枝干雄被杀，虽然家中每个人的反应有着微妙的差别，但却都有不在场证据。在警方的调查之后，在妃英理和有希子的推理下判定为内部作案。而在有希子询问了园丁土肥之后众人又发现了新的疑点。在父亲工藤优作的暗示基础上，柯南了解了凶手作案的手法，而最终有希子在柯南的帮助下揭开了事件的谜底。
452集 米花町阁楼的房屋
剧情简介：柯南们去参观步美发现的可爱的新房子。从阁楼的天窗可以看到毛利侦探事务所的一部分。2天后柯南们从步美那听说，那个房屋卖掉了。据说买主是一对70多岁的老夫妇。而在柯南他们认识那个房屋里的老太太之后，偷拍在事务所吃晚饭的柯南们的人物也出现了，竟然是住在阁楼的家的老夫妇！而柯南也最终发现了老夫妇的真实身份。
512集 工藤新一少年的冒险（上篇）
剧情简介：小林老师在图书馆里发现了一个牛皮钱包，那里放了小学一年级时小兰留的字条。事情追溯到十年前，为证实谣言的真假，小兰和新一夜访校园，不想却在学校图书馆遇到了一个自称是新一弟弟的神秘男子，他向新一发出挑战并在留下了一个装有暗号的牛皮钱包后离开。于是，新一和小兰二人就在阿笠博士的帮助下展开了解谜暗号的寻宝之旅！
513集 工藤新一少年的冒险（下篇）
剧情简介：新一、小兰和阿笠博士依照暗号的指示一路来到了米花办事处，并在楼顶找到了最后一个暗号，这个写有s→w的暗号到底是何含义？阿笠博士说这或许代表方向，而此时出现在西南方的竟是泛红的夕阳，新一认为这都是爸爸想让自己看到落日才出的暗号。讲完这个十年前的故事后，柯南突然发觉有哪里不对，便重新将这个事件重新梳理，惊奇发现这个谜题其实是…
536集~537集 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（特别篇）
剧情简介：平次和柯南打电话的时候，讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时，平次和同学们一起来山里滑雪，不想遇见一起命案，而死者正是著名演员箕轮奖兵，这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似，受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。在调查过程中，服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生，而这个人正是工藤新一，服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。
672集 福尔摩斯的默示录（0 is Start）
剧情简介：到了抢七局的关键时刻，米奈芭打出了关键的一球，通过最后一球的拉锯战柯南不断观察犯人的位置。拉锯战之后米奈芭失掉了最后一球就在这时她提出了异议，通过慢镜头的回放最终取得了这一局的胜利，而柯南也通过拉锯战找到了犯人所在的位置。在父母的帮助下柯南顺利的进入赛场。就在柯南要制止罪犯之时却被人认了出来，最终米奈芭和柯南联手组织了罪犯。
742集 工藤优作未解决的事件（前篇）
剧情简介：小兰、园子和世良三人在上学途中发现了路旁的遗体，遗体的旁边留下了用血写下的“死”字，这就和十年前工藤优作唯一没有揭穿犯人的事件几乎一样，为了调查这两期案件的共同点，他们打电话给高木警官，但参与十年前案件的目暮警官看过遗体后却以窃盗事件定性，回忆着十年前的一幕幕柯南依旧没有明白自己父亲的用意。
835集 绯色的回归
剧情简介：虽然警方再次对这三名嫌疑人进行询问，但因为每个人都坐在看不到我妻点餐内容的位置，所以根本无法预知死者会拿哪一盘寿司，案件再遇瓶颈，这时柯南在我妻的回转台上看到了塑胶包装的一角，加之博士向灰原借手帕这一细节，他突然明白了凶手的作案手法，那么凶手一定是他！于是，柯南以阿笠博士为掩护当场指认凶手……
836集 绯色的真相
剧情简介：毛利一家和柯南想要去的餐馆正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正当毛利感叹的时候工地里传来了很大的声音。建筑器材的散落发生了命案，被压在钢管底下的是朱古先生，而捆绑钢材的带子上有被割过的痕迹。最有可能作案的便是在场的三人，而这三个人都有作案动机，在检查了命案现场后柯南有了线索。
908集 樱花班的回忆（兰GIRL）
剧情简介：走在樱花盛开的小道上小兰不由得想起了与新一的初次相遇，那还是在上幼稚园的时候。急忙赶去上班的小五郎不小心踩坏了小兰的樱花名牌，英理只能先给女儿用纸做了一块名牌应急，但小兰却因为这块名牌受到其他小朋友的讥讽，同样是樱花班的新一称自己也丢了名牌，他要求小兰也为自己做一个。
909集 樱花班的回忆（新一BOY）
剧情简介：小兰和园子聊着幼稚园时的往事，新一当时所做出的樱花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小兰不知道的情况下新一一直在背后默默地守护着她。樱花班班主任江舟论介看小兰的眼神让新一非常在意，他认为这个老师是故意想要和小兰亲近，他所作出的解释看似合理，但新一依旧无法放松警惕，新一的父亲工藤优作得知后也展开了调查。
937集 涟漪中的魔法师（后篇）
剧情简介：根据死者背包中的赃物，秀一判断该死者可能是一名抢劫犯，同时他发现还有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的帮助下带来了三名有作案嫌疑的游客，经过秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也顺利抓获了犯罪嫌疑人。至此，柯南终于回忆起十年前与世良初次相遇的情景，同时他也意识到，世良可能已经知晓自己的真实身份。
951集 手臂白皙的女人（前篇）
剧情简介：若狭老师不慎将话剧演出要用的屏风弄脏，柯南一行跟着若狭老师回到公寓帮忙重画，完工后隔壁房间传来了噪音，元太和柯南前去抗议时遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高尔夫运动员，若狭老师在早上听到了两人的争吵，而柯南已经确定了谁是凶手，现在只差找到关键的证据。
984集~985集 红色的修学旅行（恋红篇）
剧情简介：毛利一家大早上就来到了白罗咖啡厅，安室特制的蛋糕是店里的招牌，但打开冰箱后却发现蛋糕融化了。少年侦探团听到柯南在白罗咖啡厅便全跟了过来，得知蛋糕融化后他们都很失望，为了让伙伴们吃到安室的蛋糕柯南准备着手调查此事，经过了几天的监控他们并没有找到原因，这起蛋糕融化事件的真相到底是什么？
999集 寻找玛利亚（后篇）
剧情简介：小兰的母亲妃英理在自己的事务所突然被人绑架，但她趁绑匪不注意躲进了废弃的大楼内，并用抢来的手机向小兰求救，虽然遭到了绑匪的干扰但柯南还是分辨出来了妃英理所发的信息内容，从中获得了一些线索后柯南带领小兰和小五郎立刻展开救援，但被绑架的地点可能有两处，柯南能在危急时刻找到正确的位置吗？
知道柯南是新一的应该是：
043 江户川柯南诱拐事件
（本集中工藤有希子化妆成一位胖女人，称是柯南的妈妈，化名“江户川文代”）
（工藤优作扮成黑暗组织成员出现）
工藤有希子
TV版（其中带★的为特别篇）
043 江户川柯南诱拐事件
（本集中化妆成一位胖女人，称是柯南的妈妈，化名“江户川文代”）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件★
（在新一的身份就快为兰识破时 及时出现并解了围）
100 初恋情人回忆事件(前篇) (远影）
144 上野出发北斗星3号（前篇）（其中化名为明智文代）
145 上野出发北斗星3号（后篇）（同上）
193 危命的复活 约定的场所
(回忆中年轻时优作向有希子求婚的场景中出现 本集约定的场所是二人定情的地方）
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
333 相似的公主（前篇）
334 相似的公主（后篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇） （哀提到柯南的妈妈）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件★
346 寻找屁股上的印记(前篇)
（提到帮柯南易容成哀检测上学路上没有跟踪的人 没有正面出现）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（后奏曲）（柯南回忆小时候 妈妈弹琴）
418 米花町阁楼的房屋（易容成老太婆）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）
490 工藤新一VS服部平次滑雪场的推理对决!★
剧场版
第6部 贝克街的亡灵（在游戏中被设计成扮演福尔摩斯最欣赏的女人艾琳·艾德勒 最后为柯南一行所救）
青山刚昌短篇集
1：彷徨的红蝴蝶 （有希子的谜题）
2：飞上天空的十颗行星 （第一次 工藤一家齐登场 那时的新一还很小很可爱 但已经会破案了）
剧场版特典
M12特典 工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
TV版
043 江户川柯南诱拐事件 （扮成黑暗组织成员出现）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （在最后接有希子时出现）
144 上野出发北斗星3号（前篇）
145 上野出发北斗星3号（后篇）（为柯南破案帮了忙）
418 米花町阁楼的房屋（又化妆，这次化妆成老头）
472 工藤新一少年的冒险（前篇）
473 工藤新一少年的冒险（后篇）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
剧场版
第二部：1998第十四个目标（柯南回忆在夏威夷爸爸教自己射击）
第六部： 2002 贝克街的亡灵
剧场特典
M12特典——工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
回忆中出现
068 黑夜的怪男爵杀人事件（事件篇）
144 上野出发的北斗星3号（上集）
163 月亮、星星与太阳的秘密（上集）
164 月亮、星星与太阳的秘密（下集）
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
437 上户彩和新一 4年前的约定
第十四个目标
青山刚昌短篇集
1、彷徨的红蝴蝶
2、飞上天空的十颗行星
1、043 江户川柯南诱拐事件
2、096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
3、144 上野出发北斗星3号（前篇）
4、145 上野出发北斗星3号（后篇）
5、418 米花町阁楼的房屋
6、472 工藤新一少年的冒险（前篇）
7、473 工藤新一少年的冒险（后篇）
8、490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
剧场版
第六部： 2002 贝克街的亡灵 剧场特典
M12特典——工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
青山刚昌短篇集
1、彷徨的红蝴蝶
2、飞上天空的十颗行星
43 江户川柯南诱拐事件
96 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
286 工藤新一NY事件，柯南与他的母亲
472 工藤新一少年时的冒险
剧场版 6 贝克街的亡灵，柯南和他的父亲
江户川柯南诱拐事件
工藤新一少年时的冒险（还是十年前的他们呢 黑羽盗一 小快斗 当年还很恩爱的兰的父母都有）
走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
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