益生菌一般建议是在饭后20分钟服用，由于饭后胃酸浓度降低，益生菌在肠道中的作用更好。另外，制备益生菌时不要使用开水，由于高温会杀死其中的益生菌，建议使用30-40℃温开水，使制剂恰到好处。此外，益生菌不宜与抗生素同时服用。
只有益生菌最大限度的活着到达肠道，才有最大的治疗效果。所以应该在吃东西后0.5小时，胃酸被食物消化掉了，胃酸的浓度是最低的，这时服用益生菌的效果最佳。吃益生菌还要注意，应该用低于37℃的水溶解后服用，温度太高时益生菌会被杀灭，其效果就没有了。
益生菌到达肠道要经过多重关卡。
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