区别在于通行证是往来港澳专用的证件，护照上的第三国签证只能在过境香港或澳门时使用（每次停留时间不超过7天），所谓的过境就是你进入港澳后必须在那里坐飞机或其他合法交通工具离开港澳（或者从第三国入境港澳，停留不超过7天再进入内地）。如果你凭第三国签证从内地口岸进入港澳，期间没有去第三国的记录又回到内地，当地入境处会留下你的不良记录，超过一定次数后，会禁止你在一定时间内再进入港澳。
去港澳需要办理《往来港澳通行证》和签注。
签注是地区间往来的许可文件，说明了往返次数和每次停留的时间。港澳签注是一张纸，港澳通行证内的空白页叫签注页，签注就贴在空白签注页上。
去港澳的话办理好《往来港澳通行证》之后贴上签注就可以了，去港澳每次停留时间不超过7天。《往来港澳通行证》有效期为5年，不需要从新办理，签注用完了是需要续签的。不过签注不需要本人回去签了，证件回去就可以了的
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