第一季 东海故事
蒙卡篇（动画：1话－3话）
蒙奇·D·路飞童年时受到海贼红发香克斯的启蒙，自小就立志要成为“海贼王”。十年后，年仅17岁的他，戴着红发香克斯托付的草帽，只身从故乡风车村出发。途中他遇到在“亚尔丽塔海贼团”打杂的少年克比，在打倒海贼团的船长“铁棒”亚尔丽塔后，路飞得知东海有个外号“海贼猎人”的剑士罗罗诺亚·佐罗，并想要拉拢他成为伙伴，遂与克比两人来到被海军上校“斧手”蒙卡统治的谢尔兹镇。由于佐罗曾在镇上砍杀了蒙卡上校的儿子赫鲁梅伯所饲养的狼犬，在被拘捕后即将被处死。佐罗被路飞的气势折服，并合力打倒蒙卡上校。佐罗正式成为了路飞的第一个伙伴，而克比在路飞的帮助下也如愿成为了海军。
巴奇篇（动画：4-8话）
索隆成为路飞的第一个伙伴，他们来到海贼巴奇控制的城镇，在那里遇见痛恨海贼的小偷娜美。
克洛篇（动画：9-18话）
娜美作为他们的航海士与他们两人合作（不过她强调不是他们的伙伴），他们来到一座岛并寻找可以使用的船，在那里他们遇到骗人布。然而他们却发现骗人布的朋友可雅的管家古拉哈诺（克洛船长）欲杀害可雅，路飞等打败了克洛后，可雅将黄金梅利号赠予他们。
第二季 东海故事
克利克篇（动画：19-30话）
狙击手骗人布成为路飞的伙伴，一行人来到海上餐厅 巴拉蒂，希望能找一个厨师伙伴。但是餐厅却受到克利克的攻击，原来克利克从伟大航道回来后，船已破损不堪使用，他想要夺取巴拉蒂，再度返回伟大航道。
恶龙篇（动画：31-45话）
来自巴拉蒂的厨师黑脚 香吉士加入的草帽海贼团，但是娜美却偷了他们的船，他们尾随娜肆缓美，来到鱼人海贼恶龙所控制的岛屿。娜美坦承她是恶龙海贼团的一员，并且帮助路飞他们只是为了偷取黄金。但实际上，娜美是为了从恶龙手上买下她的村子而忍辱在恶龙底下工作。后来，路飞打倒恶龙后，航海士娜美加入了草帽海贼团。
罗格镇篇（动画：48话－53话）
路飞一伙人到达了罗格镇，这是进入伟大航道之前必经的地方，也是‘海贼王’哥尔·D·罗杰的故乡和后来被公开处刑的所在，因此这里又被称为“开始与结束的城镇”。在罗格镇，他们同时受到管辖这里的海军上校‘白猎人’斯摩格和其他许多敌人的夹击，路飞在奔走过程中撞见了海贼王被处死的高台，兴奋的爬上高台眺望远方，却不小心被小丑巴奇给擒住。巴奇手上的刀即将招呼到颈间的那一瞬，路飞笑着对草帽海贼团团员说：“对不起，我要死了！”，此情景令斯摩格回想起二十年前海贼王的处刑（死前能够没有遗憾的笑，这样的人并不多）。
也许是身处高处的缘故，巴奇的刀凑巧引来了闪电劈向高台，身为橡胶人的路飞因为身体不导电而得救了裂扰模，巴奇则是暂时昏迷。返回船上的路上，路飞在镇上的入口处一度被斯摩格抓住，却又受到父亲‘革命家’蒙奇·D·多拉格的帮助而得以脱身（当时路飞并不知情）。离开罗格镇后，一伙人在伟大航道的入口——颠倒山之前以各自的梦想立誓，跨越颠倒山之后进入了伟大航道，展开下一段冒险。
第二季 伟大航路之阿拉巴斯坦事件
颠倒山篇（动画：62－63话）
草帽海贼团一行人来到伟大航道 双子岬，在那里遇到一只等待留下它去了伟大航道的伙伴50年的‘岛屿鲸’拉布，还有一位是曾在‘海贼王’罗杰船上当过三年船医的可乐克斯（不过当时一行人并不知道可乐克斯曾在海贼王船上待过，现在的可乐克斯是双子岬灯塔看守员），还遇见神秘的二人组‘Mr.9’和‘Miss星期三’想取得拉布的肉当粮食，所幸及时被路飞阻止，本想逃跑的两人却不慎遗失了纪录指针而无法回到他们的基地，之后两人便请求刚得到新纪录指针的草帽海贼团搭船载他们回去。
威士忌山峰篇（动画：64－67话）
在‘Mr.9’和‘Miss星期三’的带领下，草帽一行人来到威士忌山峰，在那里市民举行派对欢迎他们的到来。后来得悉威士忌山峰是秘密犯罪组织·巴洛克华克的地盘，在‘Mr.5’和‘Miss情人节’的追捕下发现‘Miss星期三’和‘Mr.8’的真实身份其实是阿拉巴斯坦王国公主 娜菲鲁塔利·薇薇和阿拉巴斯坦护卫队队长 伊卡莱姆，从公主口中得知阿拉巴斯坦正处于水深火热之中，以及王下七武海‘Mr.0’沙·克洛李灶克达尔的阴谋后，因此决定帮助这位公主（起初看在10亿贝里的份上，只是答应护送）。
后伊卡莱姆变装成薇薇的样子并带着前往阿拉巴斯坦的永久指针，设法假冒草帽海贼团直接回国，让一行人平安离开威士忌山峰，却仍被巴洛克华克派来的‘Miss all Sunday’妮可·罗宾给识破，但Miss all Sunday没有接到任何要杀死薇薇的指令，并只将前往阿拉巴斯坦的永久指针交给草帽海贼团后就离开了，而路飞因不信任Miss all Sunday而将永久指针破坏，并依循原持有的记录指针往小花园前进。
小花园篇（动画：70－77话）
路飞一行人来到小花园，那里是一个仍然保存著史前时代景观的巨大岛屿。但在那里有着比恐龙更加恐怖的东西，那就是已经在岛上决斗超过100年的两位巨人‘青鬼’东利和‘赤鬼’布洛基。
众人更在此遇上了巴洛克华克的高级特务 ‘Mr.3’和‘Miss黄金周’。
‘Mr.5’和‘Miss情人节’也为了追杀草帽等人从威士忌山峰来到小花园与‘Mr.3’搭档会合，草帽海贼团成功击败他们。 而什么事都不知道的山智在狩猎比赛后发现大家都没回到船上，在找人的途中他来到Mr.3的蜡烛小屋，透过Mr.3的电话虫意外与‘Mr.0’通电话，顺便打败了巴洛克华克底下的“不吉利二人组”，并且从他们身上取得前往阿拉巴斯坦的永久指针。
一行人会合后两位巨人并以最强的绝招“霸国”在食岛怪身上开了个大洞，护送他们离开。
第二季 伟大航路之阿拉巴斯坦事件
磁鼓王国篇（动画：78－91话／剧场版9）
由于奈美得到一种不知名的病（其实是被在小花园的蚊虫叮咬），使得全员必须前往有医生的岛屿寻找医生，但在此时，他们又从三天前的报道中得知阿拉巴斯坦的内乱越来越严重，身为一国公主的薇薇担忧著国内一百万名国民的性命，因此希望在治好奈美的病后让船以最快的速度航向阿拉巴斯坦。
于是一行人来到了有“医疗大国”之称的磁鼓岛，不巧的是磁鼓岛因为先前统治者的关系，使得岛上只剩下一个医生，那就是住在山上城堡里的‘魔女’Dr.古蕾娃，路飞和山智背着重病的奈美为此踏上征山之途，途中受到一大群“食肉兔”和“雪崩”的影响，山智为了掩护路飞而受重伤，路飞带着两人徒手爬上Dr.古蕾娃所在的磁鼓山，但由于穿着单薄导致严重冻伤晕倒，三人一起接受了Dr.古蕾娃的治疗，并在此遇见了她的助手，一只蓝鼻子的驯鹿多尼多尼·乔巴。
路飞想拉拢乔巴成为自己的伙伴，但乔巴因为过去的心灵创伤而不愿与人类接触，与此同时，前统治者 海贼团船长‘白铁’瓦波尔刚好回到磁鼓岛来抢回他的国家。
在经历与瓦波尔的战斗后，乔巴决定和路飞等人出海，乔巴以船医身份加入草帽海贼团。
阿拉巴斯坦篇（动画：92－130话／剧场版8）
一行人和公主薇薇来到了阿拉巴斯坦，原先打算至叛乱军基地犹巴直接劝阻叛乱军首领 寇沙，抵达时却发现叛乱军已经离开。
在路飞的决定下前往克洛克达尔的所在地雨地，得知其夺取国家的计划理想国后，便赶回首都阿尔巴那。 在他们抵达阿尔巴那时，内战已经开始了，一行人为了使薇薇到达皇宫与巴洛克华克展开激战。
路飞先后被克洛克达尔打败了两次，最后于遗迹里成功打败他，其他成员亦击败巴洛克华克的一众高级特务。而最后的一场雨使得薇薇得以向大家说明‘Mr.0’克洛克达尔的阴谋，内战亦随之结束。 其后薇薇和跑得快向路飞等人道别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。
原·巴洛克华克副社长妮可·罗宾，在解了路飞的毒后，因失去人生目标想寻死却被路飞所救，无处可去而被路飞收留，以考古学家的身份加入了草帽海贼团。
第二季 伟大航路之SKY PIEA篇
加亚篇（动画：144－152话）
离开阿拉巴斯坦王国之后，想要前往下一个岛的草帽一伙意外发现一艘从天而降的大船。 诡异的是，纪录指针竟然向上指向天空。
路飞也在大船上找到一张“空岛”的地图，先前没有预料到会有如此状况的一伙人来到了加亚岛，路飞、佐罗、奈美三人前往岛西“魔谷镇”镇上的酒吧，想要打听有关“空岛”的线索，但遭到“鬣狗”贝拉密及其海贼团一伙人嘲弄。
贝拉密等人对路飞拳打脚踢，甚至讥笑所谓的“空岛”只不过是白日梦而已，但路飞对佐罗说“这场架打不得”，以毫不还手诠释了他对梦想的坚信不疑。
在酒吧外的“黑胡子”马歇尔·D·汀奇后来跟奈美解释：“这场胜负是你的伙伴赢了”，接着透过罗宾从魔谷镇得来的情报得知，加亚岛有个被居民逐出魔谷镇的怪老头库力凯，他似乎知道到达空岛的方法。
从岛西的城镇离开后，他们来到加亚岛东部的海岬，遇到了四百年前被称为骗子的蒙布朗·诺兰德的子孙－猿山联合军船长 蒙布朗·库力凯，得知了上升海流下次的爆发地点在加亚岛南方后，全员前往森林想要捕捉一只名叫指南鸟的生物帮忙指引方向，回来后却发现库力凯的黄金遭到先前发生冲突的贝拉密强夺。
虽然离出航时间只剩三小时，路飞还是冒着可能赶不上上升海流的风险，一个人跑到魔谷镇，一拳击倒了贝拉密并且抢回黄金。 之后一行人前往上升海流的预定爆发地点，出发前往空岛。
路飞一行人离开魔谷镇后，“王下七武海”之一的唐吉诃德·多佛朗明哥现身，操控贝拉密一伙人当中的“大匕首”萨奇斯，将身为手下却失职而玷污了自己名誉的贝拉密杀死。
第二季 伟大航路之空岛篇（153-195）
空岛篇（动画：153－195话）
乘着上升海流，一行人来到了海拔一万米高空的“白海”。 他们发现空岛并不只是原本他们想像的黄金乡而已。 大伙原本冀望能够在空岛享受不用担心海军的愉快时光，却莫名其妙被冠上了“非法入国”的罪名，被迫接受“神之岛”阿帕亚多上四神官们的“试炼”考验。
在试炼的过程当中，众人根据分头探索的经验得出了结论：四百年前，诺兰德口中的黄金乡并不是沉没到海底，而是因为上升海流的关系使原本的加亚岛一分为二，一半到了这“白白海”上—— 也就是说，这神之岛就是原本的加亚，而那只有一半的房屋更是支持这个推论的铁证。
前任的神“天空骑士”甘·福尔则是因为从一伙人得知了阿帕亚多的来由，明白了岛上天使们和香狄亚人四百年的战乱的来龙去脉。 另一方面，拥有自然系“轰雷果实”能力的“神”艾涅尔，在神之岛设计了一场81人的生存淘汰赛，并且预言能存活下来的只有5个人。
草帽一伙在黄金前夜祭后，决定分成2组行动：由奈美、撒谎布、山智三人驾驶前进梅利号找寻可以离开空岛的的出口；路飞、罗宾、佐罗、乔巴四人则组成“黄金探险队”在找到黄金后和其他人会合，但却因为被突然出现的大蛇攻击而分散，开始了各自的冒险和战斗。
经历与其余74名参赛者的激战，三小时后，罗宾、佐罗、奈美、福奇，以及香狄亚战士瓦夷帕等五位参赛者出现在艾涅尔面前，艾涅尔为了让自己的预言准确，亲手剔除了第六名参赛者甘·福尔，同时也娓娓道出自己的目的。
其实他真正的计划是打造一艘大型飞船方舟“箴言”，并带着来自古早香狄亚人打造的巨大黄金钟楼前往“无限大地”，同时将空岛打回青海，参赛者们得知后纷纷站出来反抗艾涅尔，却都败在那无敌的雷能力之下。唯一幸存的奈美为了保命，假借自愿跟随艾涅尔前往“无限大地”，一方面找寻逃生的机会，原以为计划完美无缺的艾涅尔却漏算了被大蛇吞下肚的路飞。
不久路飞逃出大蛇身体，看到伙伴们的惨状气愤不已，当下冲向艾涅尔停靠方舟的地方，巧合的是由于空岛没有“橡胶”，路飞不导电的橡胶体质反成了艾涅尔最棘手的天敌，两人纠缠了好几回，艾涅尔最终仍被击败。
路飞也敲响了巨大的黄金钟，让天空的住民们听到四百年前的“岛的歌声”重现，终于解开了两族的心结，也终止了长达四百年的战争。 同时，因为罗宾解读了历史本文的文字，明白了原本香狄亚人守护历史的任务已经该交给对历史有所认知的自己，香狄亚人的历史包袱也就能够放下。
第二季 伟大航路之突破海军要塞（196-206）
突破海军要塞（动画：153－195话）
飞也似地逃离空岛的路飞一行人，让空岛的人们没有机会向他们说声谢谢及再见，不过在响彻云霄的钟声中，以及柯妮丝释放的章鱼热气球让他们顺利离开了空岛，但是快降落时却又发生了意外，由于章鱼突然缩小让他们摔到了莫名的地方…… 在柯妮丝的帮忙下，路飞他们总算是平安降落了但是降落的地点却很不妙，因为竟然是他们海贼团的死对头海军要塞，不过路飞等船上的船员却都没有在船上，让这个要塞的司令官以及其它官兵都觉得匪疑所思，甚至怀疑这是幽灵船……
路飞一行人分散之后，各自在这个叫做拿巴隆的要塞中寻找出路，没想到香吉士与路飞误打误撞被当成新人的大厨师叫进了海军厨房，并且紧接着与海军厨师展开了一场战斗，不过以香吉士的技术当然是让人叹为观止……
各自分散的路飞等人，娜美将自己乔装成打扫人员，路飞和香吉士则是假装成厨师混在大食堂中只有独自一人的索隆被抓住了，另一个落单的乔巴也在千钧一发之际被送到了医务室，就这样阴错阳差之下乔巴为受伤的海军动手术。
与路飞他们分散后，骗人布原本和妮可罗宾一起行动，后来因为骗人布心急地想先找到黄金梅利号受不了罗宾一直在调查拿巴隆要塞的事，一个人跑到整备队的船坞，却因此被德雷克少校抓到，原本打算伪装成特别监察官的他，偏偏碰上了已经伪装成特别监察官的罗宾……由于罗宾的计谋让骗人布也被抓走了牢里，因为她认为骗人布和索隆在一起比较安全，另一方面路飞和香吉士则是朝向最有可能的地方，一心想要救出被抓到的两人，没想到这却又是强纳森司令官设下的陷阱，幸好有骗人布的冲击贝才能爆破监狱救出了骗人布与索隆。
路飞与香吉士救出了索隆和骗人布之后，立刻要赶往黄金梅利号停泊的第88号船坞，而海军方面在强纳森司令官的安排下，先由德雷克到第88号船坞埋伏，并且派出第55特种部队来对付路飞他们争取时间。路飞果然在停靠黄金梅利号的船坞遭遇到强敌，幸好柯芭特医生帮乔巴他们想出了妙计，由她和娜美假装成人质，逼迫德雷克少校让他们上船并且离开，不过最后海军识破了娜美也是海贼团成员之一，连雪帕特中校都是罗宾伪装的。路飞他们好不容易到达了冲出外海的海门，却因为他们在空岛拿的黄金全部都不见了，让娜美坚持要回海军要塞抢回黄金，因为现在他们最重要的就是要花一大笔钱修理黄金梅利号，这是他们对一直载着他们趁风破浪的黄金梅利号，应该尽的一份心力。
再次回到海军要塞的路飞等人，在骗人布的安排下兵分两组行动，首先是路飞，骗人布，索隆及罗宾为夺回黄金小队，而娜美和香吉士则是回收威霸小队，结果又只剩下乔巴一个看守黄金梅利号。不过强纳森司令官也不是省油的灯，早就拟好作战计划等他们来……
兵分两路的路飞等人，娜美与香吉士很快就顺利找到了威霸，但是路飞他们好不容易找到保险库却发现里面空无一物，在整备队的梅卡欧大叔的暗示下，娜美猜到了强纳森司令官一定是把黄金放在最明显的地方，那就是司令官办公室。原来以为已经成功夺回黄金的路飞等人，却在要逃出拿巴隆要塞时遭遇到空前的危机，由于这个要塞天然的屏障与地形，在退潮时任何船只都无法通过，让黄金梅利号也被困在浅滩上无法动弹。幸好路飞他们想到，利用冲击贝与章鱼再次升上天空……别了海军要塞！
第二季 伟大航路之司法岛事件
长环岛篇（动画：207－228话）
结束空岛的冒险后，草帽一伙在海上遇到一艘既没有帆也没有旗帜的海贼船，还因为少了指挥一切的船长和航海士让船员变的没有组织性，整艘船并在一行人面前遭到海猴子引起的巨浪吞噬。
接着他们来到了长环岛，遇到狡猾的海贼团船长“银狐”弗克西，拥有“迟缓果实”能力的弗克西向路飞挑战“Davy Back Fight”比赛，胜利者可以从败方选择得到一名成员或选择标志（被夺走标志后不得再挂上该标志，以及被夺走的同伴、标志等，都必须在由“Davy Back Fight”夺回）。
草帽海贼团与弗克西海贼团比了两场，分别为“环形赛船”及“火爆斗球”，在一胜一败的情况下进入第三场也就是最后一场的比赛，第三场是“双方船长一对一决斗”，弗克西的迟缓能力一度让路飞居于劣势，最后因为想要守护所有伙伴的心意以及爆炸头的野性力量爆发让他战胜了弗克西。
事情结束后，他们又遇上了海军本部上将“青雉”，而他的目的，就是要歼灭曾经从他手中逃走的罗宾。 为了保护罗宾，一行人和这个可怕的强敌战斗，败得一塌糊涂，最后却被放过一马。 遭到青雉“冷冷果实”能力攻击导致全身被冰冻的罗宾和路飞，则在团员们的合力抢救下捡回一命。
水之七岛前篇（动画：229－241话）
草帽一行人在罗宾和路飞痊愈后，为了寻找船匠伙伴和修理前进梅利号而来到以造船出名的水之七岛，但本来与乔巴在镇上逛街的罗宾却突然失踪了。 路飞、奈美和撒谎布前往卡雷拉公司，前进梅利号在经船匠检查过后，发现支撑船体最重要的“龙骨”已经严重受损，如果维持这样的状态航行，到下一座岛的机率将会是“0”。
此时他们所换得的2亿贝里遭卡雷拉公司的死对头－ 解体商弗兰奇家族抢走，提着2亿贝里的撒谎布，为了夺回2亿贝里也被他们打成重伤。 路飞、佐罗、山智、乔巴前往弗兰奇之基地报仇，但家族首领弗兰奇却已经带着两亿贝里前往黑市。 四人痛扁弗兰奇的小弟们，并且毁了弗兰奇家族。路飞以船长的立场决定更换一艘新船，撒谎布对这突如其来的决定感到相当震怒，与路飞决斗，最后战败然后离开了草帽一伙。
水都市长 艾斯巴古遭到袭击，而攻击艾斯巴古的人似乎就是罗宾，草帽海贼团成了水之七都岛民和船匠追杀的对象，弗兰奇也因为自己的家被路飞破坏、小弟被打伤一事，想找草帽海贼团算帐，罗宾则在事发后的第二天出现在要找她的山智和乔巴面前，发出了要退出草帽海贼团的宣言，路飞等人为了从罗宾口中问出想退出海贼团的原因，决定当晚上潜入艾斯巴古宅邸。
第二季 伟大航路之罗宾争夺战篇
罗宾争夺战篇（动画：242－262话）
草帽一伙进到艾斯巴古的宅邸，发现幕后驱使罗宾的主谋竟是世界政府直属秘密间谍机关“CIPHER POL NO.9”，但因为他们超人般的力量“六式”使众人很快就吞下败仗。
CP9逼问艾斯巴古古代兵器“冥王”设计图的去向，并以假设手法得知应该在弗兰奇那儿，刚好撒谎布也在弗兰奇那里，两个人就跟罗宾一起被抓上海上列车“冒烟汤姆”。
奈美也从艾斯巴古口中得知了一件惊人的真相，原来罗宾之所以背叛草帽一伙，是为了让他们平安离开水之七岛；打从心里将草帽一伙视为重要伙伴的罗宾，打算牺牲自己的性命以保护伙伴们免于受世界政府“非常召集”攻击。于是，草帽海贼团、弗兰奇家族与卡雷拉公司等人决定要去救回牺牲自己的罗宾和被抓走的弗兰奇，而和众人暂时分开行动的山智则潜入了海上列车，解放了撒谎布和弗兰奇，与各“CP”进行激烈的争夺战。
弗兰奇为了让山智他们顺利把罗宾带回去而牺牲自己让CP9给抓回去，但罗宾却仍选择了离开众人，和CP9一起到司法之岛“艾尼爱斯大厅”。
第二季 伟大航路之司法岛篇
司法之岛篇（动画：263－312话）
一行人来到了世界政府辖下的司法之岛“艾尼爱斯大厅”，弗兰奇安排让妮可·罗宾与路飞见面，但罗宾仍不愿意回到伙伴身边，还告诉路飞自己已经不想活了。
罗宾揭露出世界政府的阴谋及以往的所作所为，害她家破人亡，甚至被逼的走投无路而想寻死。 得知罗宾痛苦的草帽海贼团当着司法岛所有人面前，烧毁了代表世界政府的旗帜（向全世界宣战），此举让罗宾当场放声痛哭，并且大喊出了压抑在心中许久的心愿-“想要活下去”。
弗兰奇拿出冥王设计图 并当着众人的面前直接烧毁 此行惹怒斯潘达姆而被一脚踢下司法之塔 后来海上列车“火箭人”冲进司法之塔之时成功救回弗兰奇，但却没有救回罗宾。
CP9长官斯潘达姆将锁住罗宾的“海楼石手铐”钥匙交到五名CP9手中；但当中只有一条是真的，借机拖延路飞他们救走罗宾的时间，但斯潘达姆却在押解途中不小心按下了黄金电话虫的按钮 发动了(非常召集)。 一行人为了抢到正确的钥匙而与CP9展开激战，最终击败了所有CP9并成功解放罗宾；其中，“历史上最强的CP9”罗布·路基也被路飞击败，八百年来传颂的CP9不败神话也被破灭了。
然而，由于路飞受到路基的“六王枪”所伤而无法动弹，而抢来的逃脱船又被炸毁，欲逃出司法之岛的众人被海军战舰重重包围，陷入困境；就在绝望之际，草帽一伙重要的伙伴前进梅利号适时出现并拯救了所有人，虽然海军战舰集中炮火攻击前进梅利号，却因山智关闭“正义之门”产生的涡流而受困，草帽一伙顺利逃出了艾尼爱斯大厅。本战亦是海军有史以来最大的完败。
第二季 伟大航路水之七岛后篇
七岛后篇（动画：313－325话）
司法之岛篇结束后，前进梅利号突然断成两截，前来接送的艾斯巴古告诉路飞一行人，这是他为了达成前进梅利号的心愿而做了临时补强，现在则是该道别的时候。
一行人挥泪火葬前进梅利号后，回到水之七岛。弗兰奇表示希望用当初抢来的两亿贝里替路飞他们造一艘新船。 在等待新船完成的期间，新的报道与悬赏单也随之发布下来，“司法之岛”的轰烈事迹使全船人都遭到悬赏－“草帽”蒙奇·D·路飞3亿贝里、“海贼猎人”罗罗诺亚·佐罗1亿2千万贝里、“女窃贼”奈美1千6百万贝里、“狙击王”3千万贝里、“黑脚”山智7千7百万贝里、“超爱棉花糖”多尼多尼·乔巴50贝里、“恶魔之子”妮可·罗宾8千万贝里；而“铁人”弗兰奇亦被悬赏4千4百万贝里。
与在此时，路飞一行人商讨撒谎布事后欲归队的问题；由于撒谎布当初的意气用事让路飞差点下不了台，因此在佐罗的提案下大伙都同意要等撒谎布诚心道歉后，才让他重新加入，否则将把他扔在水之七岛。及后，弗兰奇帮草帽一伙造好了新船“千里阳光号”，而他本人亦以船匠身份也正式加入；同时，罗宾亦打开了幼年的心结，成为草帽一伙真正的伙伴。在撒谎布诚心道歉后，重新回到草帽海贼团，全员再度整装出发．
原来，在此前几天，白胡子海贼团的第二队队长“火拳”波特卡斯·D·艾斯与“黑胡子”马歇尔·D·汀奇在巴纳洛岛上发生了激战，此战胜负成了日后某件“大事件”的导火线。
第二季 伟大航路大事件篇
恐怖三桅帆船篇（动画：337－381话）
草帽海贼团捡到一个祭祀海神的酒桶，打开后里面竟冲出诡异的红色闪光，接着千里阳光号因暴风雨而航行到魔幻三角地带，在那里遇见吃了黄泉果实的神秘骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向世界最大海贼船“恐怖三桅帆船” ，从以前就想要个音乐家的路飞邀请布鲁克成为同伴，但由于失去“影子”的布鲁克不能照射到阳光，因此拒绝了路飞的入团邀请，并一个人跑到岛上。
因为奈美、撒谎布和乔巴在岛上迷路，好奇心作祟的路飞不顾布鲁克要他们离开此地的劝告，硬是和伙伴们闯进去探险，然而居住在恐怖三桅帆船里的竟然是王下七武海 月光·摩利亚。
摩利亚为影子果实能力者，并且抢走敌人的影子建立僵尸军团，草帽海贼团成员陆续被他抓住并且剥走了影子，落单的罗宾和弗兰奇在即将被僵尸军团抓住之际得到布鲁克的帮助，经被僵尸称为“剑侠鼻呗”的布鲁克的解说，从而得知恐怖三桅帆船的秘密与僵尸的弱点，两人带着布鲁克给他们的“盐”成功救出撒谎布和乔巴，并且回到千里阳光号上唤醒了被夺走影子的路飞等人，但奈美还被困在岛上，得知布鲁克和在双子岬遇到的“岛屿鲸”拉布有一段约定，路飞一行人为了抢回食物、奈美和大家的影子再次闯入摩利亚的宅邸。
路飞想只身去找摩利亚要回影子，其他人则与服侍摩利亚的三怪人和僵尸大军展开了艰辛的战斗。
最后，他们面对的最强敌人，是装有路飞影子的特别僵尸“魔人”欧斯，欧斯拥有与路飞同等的破坏力，却也因路飞的白痴性格而数度被草帽一伙耍得团团转。
后来，摩利亚在甩掉路飞后加入战局，使欧斯成为“力量”加“头脑”的凶恶怪物，草帽一伙面临全军覆没的危机，所幸身上塞了一百人份影子的“噩梦·路飞”及时出现，加上同伴们的齐心合力，最终仍将摩利亚和欧斯逼到绝境打败了他们。
然而，事情并未就此结束，王下七武海“暴君”巴索罗缪·大熊听从世界政府的指令，要抹杀所有目睹摩利亚被击败的人；面对大熊强大的力量，加上体力耗尽，全部人均无能为力并处于劣势，几乎被冲击晕倒，仅剩下佐罗尚能勉强战斗。
为了捍卫路飞的梦想，佐罗愿意牺牲自己的生命以换取路飞头颅，面对如此友情熊也只得网开一面，只将路飞所有的痛苦和疲劳转到佐罗身上便放过他们一马。 事情结束后，布鲁克为了完成和拉布的约定，以音乐家身份加入草帽一伙。
第一部分：东海冒险
东海冒险篇
1.蒙卡篇 （漫画：1－7话／动画：1－3集）
2.巴基篇 （漫画：8－21话／动画：4－8集）
3.克洛篇 （漫画：22－41话／动画：9－18集）
4.克利克篇 （漫画：42－68话／动画：19－30集）
5.阿龙篇 （漫画：69－95话／动画：31－44集）
6.过渡篇 赏金对象！草帽路飞闻名世界(漫画：96话/动画：45集）
7.巴基历险记篇 (动画原创) (动画：46-47集)
8.罗格镇篇 (漫画：97－100话／动画：48－53集）
9.千年龙篇（动画原创） (动画：54－60集）
第二部分：伟大的航路前半段
颠倒山篇
1.颠倒山篇 （漫画：101－105话／动画：61－63集）
克洛克达尔篇
1.威士忌山峰篇 （漫画：106－114话／动画：64－67集）
2.海军奋斗记篇（动画原创) （动画：68－69集）
3.小花园篇 （漫画：115－129话／动画：70－77集）
4.磁鼓岛篇 （漫画：130－154话／动画：78－91集／剧场版9）
5.阿拉巴斯坦篇 （漫画：155－216话／动画：92－130集／剧场版8）
彩虹色的雾篇
1.彩虹色的雾（动画原创） (动画131—143集）
空岛冒险篇(SKYPIEA)
1.加雅岛篇 （漫画：217－236话／动画：144－152集）
2.空岛篇 （漫画：237－302话／动画：153－195集）
G8要塞篇
1.G8要塞篇（动画原创） (动画：196－206集）
司法岛事件篇
1.长链岛篇 （漫画：303－321话／动画：207－219集/225、226集）
2.失忆篇（动画原创） (动画：220－224集）
3.水之七都前篇 （漫画：322－345话／动画：227－241集）
4.罗宾争夺战篇樱升 （漫画：346－374话／动画：242－262集）
5.司法岛篇 （漫画：375－430话／动画：263－312集）
6.水之七都后篇 （漫画：431－441话／动画：313－325集）
新年特别篇
1.路飞捕头篇（动画原创） (动画：291—292集/303集）
旗帜猎人篇
1.旗帜猎人篇（动画原创） (动画：326－336集）
恐怖三桅帆船篇
1. 恐怖三桅帆船前篇 （漫画：442－459话／动画：337－354集）
2. 恐怖三桅帆船后篇 （漫画：455－489话／动画：355－381集）
Spa Island号篇
1.Spa Island号篇（动画原创 （动画：尘纳382－383集）
过渡一集篇
1. 布鲁克大奋斗 成为真正伙伴的艰辛道路（动画原创） (动画：384集)
香波地群岛篇
1.迪巴鲁篇 （漫画：490－495话／动画：385－389集）
2.天龙人事件篇 （漫画：496－513话／动画：390－派颂没405集）
时代剧特别篇
1.路飞捕头篇（动画原创) （动画：406－407集）
女儿岛篇
1.女儿岛篇 （漫画：514－523话／动画：408－421集）
营救艾斯篇
1.金狮子预告篇（动画原创） (动画：426－429集）
2.海底监狱篇 （漫画：524－549话／动画：422－425,430－456）
3.回忆特别篇 （动画原创）（动画：457—458）
4.海军本部篇 （漫画：550－580／动画：459－至今）
5.大事件后篇 （漫画：581—597）
第三部分：伟大的航路后半段
（2年之后）最终之海·新世界篇
1.伙伴重聚篇 （漫画：598—602话）
2.鱼人岛篇 （漫画：603—至今）
“ONE PIECE”在故事中为“一个大秘宝”之意。故事描述男主角漏衫‘草帽’蒙其·D·路飞为了当上“海贼王”而踏上“伟大航道”及与其伙伴的经历。传说中‘海贼王’哥尔·D·罗杰在死前说出他留下了具有财富、名声、力量运信世界第一的宝藏“ONE PIECE”，许多人为了争夺“ONE PIECE”，争相出海，许多海贼开始树立霸权，而形成了“大海贼时代”。十年后，路飞为了要实现与因救他而断臂的四皇‘红发’香克斯的约定而出海，在遥远的路途上找寻着志同返悄腔道合的伙伴，一起进入“伟大航道”，目标当上“海贼王”。
财富，名声，权力，曾经拥有世界上一切的“海贼王”哥尔·D·罗杰，在临死前留下了一句话，让全世界的人们，趋之若鹜奔向大简芦海缺凳：“想要我的财宝吗？想要的拦扮带话可以给你，去海报(16张)找吧！我把一切都放在那里了！”于是所有的人们开始起航，趋之若鹜的奔向大海，世界迎来了“大海贼时代”。
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