公司规定旷工3天算自动离职工资并扣除所有工资和福利合法吗？

不合法。员工擅自旷工然后自动离职的，用人单位还是需要按照员工之前上班的天数来支付相应的工资的，不能因为员工旷工并且自动离职而拖欠或者是拒绝支付工资。要是员工已经严重违反了用人单位的规章制度的，用人单位还可以根据劳动法的规定与员工解除劳动合同。
法律分析
旷工和自动离职并不影响劳动者要求工资报酬，如果办理离职手续，离职时工资、押金和经济补偿是必须一次性结清的，可以扣去旷工天数的工资。其他工资用人单位不得随意扣减。否则当事人可以去劳动局举报。用人单位拖欠工资的，劳动者可以打12333电话投诉，该电话是人力资源和社会保障局的电话。也可以到劳动局监察大队投诉。由于公司未能按时发放劳动报酬，劳动者可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。劳动者可以向当地劳动监察行政部门进行举报，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。对劳动仲裁结论拒不执行的，可以申请法院强制执行。工资是指雇主或者法定用人单位依据法律规定、或行业规定、或根据与员工之间的约定，以货币形式对员工的劳动所支付的报酬。工资可以以时薪、月薪、年薪等不同形式计算，可分为底薪、佣金及额外津贴等。
法律依据
《工资支付暂行规定》 第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

不合法。
虽然各单位都有自己的规章制度，但单位的规定不得违背法律，如果是违背法律的条文是无效的。一般3天旷工会被扣发工资是正常的，但扣除所有工资等显然违背常理和法规，可以向当地劳动监察部门举报的