协议是双方协商一致达成的，判决是审判机关依据事实和法律做出的，是以强制力为保障的，因此一般来讲判决的效力高于协议
是签了离婚协议，结果没有到民政局办理离婚登记，反而走上了法院诉讼离婚的道路，最后一纸判决书对财产和孩子由谁抚养做了判决（且与离婚协议不符），是这样子的吧？
一般来讲，离婚协议没有备案于民政局，那么是没有什么效力的（在此之前甚至可以签署很多份），而一审判决书(你的情况应该是一审判决书吧)要过了上诉期没有上诉就生效，这时判决书的内容高于此前签订的上述离婚协议，而且可以申请法院强制执行。
民政部门的离婚协议与判决书同等效力
不是
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