①在减数第一次分裂的前期，同源染色体上非姐妹染色单体之间的交叉互换属于基因重组，①错误；
②在减数第一次分裂的后期，非同源染色体上非等位基因自由组合属于基因重组，②错误；
③减数第二次分裂后期着丝点分裂，平均分向细胞两极，形成的两个子细胞相同，没有发生变异，③正确；
④精卵随机结合成受精卵使得亲子代之间染色体数目相等，没有发生减数分裂过程中的基因重组，④正确；
⑤将外源基因导入另外一种生物体内的DNA上是基因工程，原理是基因重组，⑤错误；
⑥减数分裂过程中发生非同源染色体相互交换片段属于染色体结构变异中易位，⑥正确．
故选：D．
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