00年ZERO 使用ZERO CANOON卫星炮攻击NEST本部失败后,所引发的骚动被哈迪伦的佣兵部队平息,事情的结果(毁灭了一个城市)被当作卫星事故处理
在此之后,“终止必然会出事的KOF大会”的呼声开始兴起,但是,这次大会的宣传工作和准备工作都非常给力,甚至超过了97年的那次。而且,主办方NESTS更是公然派出了队伍参赛,使得这次大赛的动机扑朔迷离.........
最后,K在主办方的蓄意安排下胜出了KOF2001,登上了早就准备好的飞艇
途中,飞艇改变了方向,并变成了宇宙船飞向宇宙,这时,真 ZERO出现了,说是要给K最后的考验,和他一起出现的还有飞贼的首领龙,和在KOF99之后,被真 ZERO回收并复活的K的复制品古利查里度
最后,ZERO被击败,他在把K一行人送入NESTS位于太空的本部后,和飞艇一起坠落在大气层里,龙脱出,古利查里度下落不明,与此同时,在地面上的NESTS队员也开始了行动,向NESTS本部“钢之城”前进,K9999在动身之前把FOXY击伤(SNK后来强调了她没死)
在钢之城中,NESTS本人,和一男一女出现了,在说明了情况之后,身边的男子IGNIZ把NESTS消灭,原来NESTS早已死亡,NESTS组织真正的运行者是他的儿子IGNIZ!
IGNIZ凭借组织的科技,使自己50岁的身体依然像20岁的时候一样强壮而健康,而且,使用NESTS的标准装备:强化肉体服来战斗,他的目的是把自己一手制造的杰作,捧为人类的巅峰,然后在击倒他们,以证明自己足以超越人类,成为新的神
最后,IGNIZ被自己的杰作K和赶来的NESTS队员们(KULA、K9999、ANGEL)击败,无法承认事实的他自暴自弃的说“如果我无法成为神,我会化作厉鬼,让世上的一切都与我一同消散!”然后使钢之城坠落向地面,想要造成地面的严重破坏事故(钢之城是大量核燃料驱动的)
钢之城在K和其他人的努力下,减速后坠入了海中,而且没有造成很大损害,在地面上活动的NESTS武装组织也被哈迪伦的佣兵部队镇压(NESTS从99年开始所有的武装活动都被哈迪伦的部队镇压了........)
K成功摧毁了NESTS组织,但是,他的记忆没有回复,只是知道了自己和KULA 是在NESTS的实验室里认识的,WHIP知道了自己是复制人,本体(K的姐姐)已经死去,但是,她决定回到佣兵部队,开始新的人生,KULA 和监护人戴安娜在一起,并且开始想办法修理2000年被破坏的保姆机器人CANDY,马克西姆在为战友成功复仇后,决定去扫墓,他和好搭档(基友?)K的旅途依然会继续..............
鳞决定继续去追寻飞贼的背叛者龙,K9999和ANGEL啧把NESTS的基地剩余设施几乎全部破坏,从此之后,在没有人可以束缚他们了
而此时,飞贼的首领龙,则和之前和IGNIZ在一起的女人MYSTY出现在不远处,并对拳崇的龙之气和包的超能力深感兴趣......................
和主线相关的貌似只有这么多了.....