公众议程和政府议程是政策议程的两个不同阶段，二者有着本质区别：
(1)两种议程的特点不同
公众议程一般由一些较抽象的项目组成，其概念和范围都比较模糊，仅是发现问题，提出问题，其可以不提出政策方案或解决办法，所体现出来的往往是众说纷纭的特点。政府议程则比公众议程来得特定而且具体，是对政策问题进行认定或陈述的最后阶段。问题经过一定的描述，为决策系统正式接受，并采取具体方案试图解决的时候，公众议程就转入了政府议程。
(2)两种议程不具有严格对应性
通常某一社会问题先进入公众议程，被公众加以关注和讨论，然后由于该问题自身的特殊性、重要性、严重性以及迫切性等，引起了政府决策者的关注，由公众议程进入政府议程，最后成为政策问题，此时两种议程研究的问题是一致的，在过程上也是对应的。然而，并不是所有的社会问题都能如此，很多的社会问题虽然处于公众议程之内，已引起普通公众的普遍关注和讨论，但决策系统并没有把社会问题列入政府议程，致使两种议程脱节。
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