南京地铁标志以一朵梅花（南京市花）为主体元素，中间饰以变形的“M”作为“花蕊”点缀梅花使其形象更加生动（意思是地铁法语“Metro”的第一个字母），“M”出头一点又意喻着汉字“市”的变体意思是地铁作为南京市的市内交通，亦表示着纪念20世纪30年代风靡南京的南京第一条轨道交通“京市铁路”。
