16年前，宇智波一族密谋叛变，鼬作为宇智波一族在暗部中的间谍，同时效力于暗部，成为暗部安插在宇智波一族中的间谍，也就是双重间谍。鼬不希望因为宇智波一族的野心酿成战争，使木叶毁于一旦，接受了木叶上层下达的诛杀宇智波一族的任务，但是要求留下自己的弟弟。上层包括三代火影、团藏（曾与三代争夺火影宝座，武斗派）、两位顾问，知情者只有这几人，但阿飞也知道了。于是，在那个夜晚，宇智波除佐助一人外被灭族。鼬不希望佐助知道真相，而是希望佐助杀了自己以后回到木叶成为木叶的英雄。
这是阿飞对佐助说的。（漫画395-402）。灭族可能还有未透露的内幕。
正是因为知道了宇智波一族要叛变的阴谋，木叶高层才对鼬下达灭族的任务，而鼬一人背负了所有的罪名，唯独没有杀死自己的弟弟，离开木叶加入了晓，为木叶提供晓的情报。三代火影死后立即出现在木叶，是为了提醒团藏等高层“我还活着”。
佐鼬决战，鼬一直假装要夺取佐助的眼睛直至死去。直到阿飞出现，鼬的真相才大白于天下。
鼬为了村子、为了弟弟选择了舍弃一切，这就是鼬的生存之道。
木叶高层也知道，但是没有办法，如果捅破这层纸，只会逼宇智波一族提早叛乱，这会造成多大的影响你应该知道。
鼬最大的争议就是弑祖灭族。
年仅四岁的宇智波鼬曾经亲眼看到过战争和九尾给木叶带来的巨大的灾难。那个沉默的孩子站在废墟之上，久久矗立不去。从那个时候开始，他就对战争产生了深深的厌恶。
然而，作为木叶卓越忍者家族宇智波的一员，他抗拒不了自己的宿命。
木叶的安危、家族的野心……生存在夹缝中的鼬显露出超乎年龄的老成和忧郁。父亲的期望和团藏的压力令他不堪重负，唯一可以放松心情的便是与弟弟佐助在一起的片刻。
鼬是火影中的悲剧帝，无论如何选择都是错误——而鼬，在选择之前便已经有了以死谢罪的觉悟。
他活下去，就是为了等待死在佐助手中——而在他未死之前，只要他存在一天，团藏就不敢对佐助下手；只要他存在一天，斑就不能对木叶下手。他是黑翼的天使，用满身罪孽守护着深爱的一切。
最后，鼬替佐助解除了大蛇丸的隐患，带着自己的秘密含笑而逝。
注意：1楼的大神在做梦！！！你是真傻！！！鼬灭族、加入晓是为了木叶，埋没灭族的原因是为了佐助，背负叛忍的罪名、佐助的仇恨，也是为了佐助，他活下去，就是为了等待死在佐助手中——而在他未死之前，只要他存在一天，团藏就不敢对佐助下手；只要他存在一天，斑就不能对木叶下手。为了自己？笑话，从头到尾鼬没有一件事是为了自己做的！
如果你是要确切的答案话，可能有些困难，不过，要是从感情上以及当时木叶的情况来说的话，就不难理解了，全族都杀，只是因为被逼无奈，以牺牲小我成就大我来说，鼬真的是付出了很多，亲人的不信任，族人的唾弃等等。纵使这只是我们的一己之见，但，与其让我们承认鼬是为自己，还不如就这样傻傻的认为下去更好吗？
因为他的家族要背叛木叶所以鼬就和木叶高层达成协议，鼬杀他们家族所有的人但是木叶高层必须放过佐助
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