名侦探柯南大结局？

　　目前还没出呢...73大叔还要赚钱...据说要等青山娶第二个老婆时（已离婚）才出结局...

　　网络上的参考结局：
　　一.关于73大叔的假结局戳穿【由于大部分都是剧情，只有四段可供分析，多多谅解下!或者大家可以去多找点假结局，有能力的话我也会试试的!】

　　原文：

　　事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。

　　分析：首先，在第一集中GIN喂新一吃AP之前，说了一句：这种药物在人体分解后人死了也不会留下任何痕迹，这句话说明了AP的**率很高，而既然阿笠本来的目的是要把柯南当**质，那么这样反倒很有可能会把柯南杀死，所以如果阿笠是组织的boss，那么他大可等到AP开发完成后再让新一服下，反正柯南父母都不在家住的，而且他也不可能将柯南给了毛利家，留在自己家反而更好，【建立在假设阿笠是组织boss的基础上】，如果优作和有希子真的和阿笠谈判过，那么肯定是两个人一起去的【因为其中一个人不知情就会坏了事情】如果真的是这样，那么有希子就不会在满月的二元事件提起自己和阿笠联合起来帮柯南打组织了【因为有希子如果知道阿笠是组织boss，那么阿里怎么可能会帮助她】还有，在103集中，既然柯南的父母已经回来了，还和柯南一起呆了那么长时间，他们大可以在这期间告诉柯南真相是什么，让他想出对策，既然没有提起过，那么就可以推断：阿笠绝不是组织的一员，更不可能是boss。

　　原文： 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有**的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南(103-104集)秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的**下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。

　　分析：从我上面的一段分析说过，AP**率很高，所以，阿笠如果要让灰原当柯南身边的卧底，那么就不会冒险让她吃药来赌这微乎其微的身体变小，而且如果阿笠是boss，那么他肯定也很清楚柯南是组织的银色子弹，得消灭他，而且杀了他只要留下灰原也可以观察其副作用，而且灰原说自己是被组织关起来后才吃的AP，再逃出去的，组织当然是预测不到灰原会吃这种药物，GIN也就不会在PISCO案件中问Sherry是怎么逃出去的了，而且灰原是被阿笠捡回来的，阿笠自然不可能知道灰原会倒在哪里，假设组织在她身上装了信号发射器，那也不现实，因为有可能Sherry吃完了之后就死在里面了，boss的计划就不会得逞，所以，这点也不对。关于AP的第一个实验者，下面会说的。

　　原文：

　　柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。

　　但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势!而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。

　　原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。

　　与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。

　　分析：柯南会告诉小兰真相这一点我认同，毛利小五郎觉醒我也认同，只是茱蒂是组织的人我不认同，如果是的话，那么她的目标想必也是秀一，那么大可在银行枪案中将他带回组织，也不会在百货店那一集中看到秀一那么激动，也不会不去将他抓住，更不会还特别提醒秀一组织的人在外面，不要出去，不然会被杀，如果她是组织的人，应该会把他抓起来或者放出去让GIN一行抓住他或者杀了他，而不会特别提醒他，所以，茱蒂不是组织的人。而且GIN威胁秀一加入组织这点也不认同，因为如果一开始就打算这么干，那么倒不如让基尔去假装带着赤井兜风，趁机抓住他反而更好，既然想两次杀了他，可见一开始就没这个企图。

　　原文

　　在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。

　　工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。

　　目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父!

　　他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生!

　　优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间!而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德!

　　分析：如果盗一是目暮的话，那么就太不可能，因为在“目暮尘封的秘密”中，松本曾说过：目暮是15年前当上警察的，而黑羽盗一却说自己是研究组织10年，所以，时间就对不上号，而且，要扮一个人那么久，还要时常换成他渐渐变老的脸相，这点太不可能了，而且，我推断组织的BOSS是黑羽盗一，基德是为了引出一个组织才当小偷的，所以，我认为，组织真正想要的宝石是盗一利用自己的儿子来帮自己找的，而且，如果目暮是盗一，他就不会扮成一个和基德完全搭不上边的人，反而更有可能拌成中森.次郎吉之类的人物，这样反而更有可能与自己的儿子接触到。

　　好了，以上就是这次的四段分析了

　　附加两个：

　　其一：关于贝尔莫得：

　　根据贝尔莫得说的：我们既是神也是魔鬼，我们要让时光倒流，这句话可以看出：贝尔莫得是AP的研究人员之一，而从哀口中的：人是无法违背时间的流逝的，可以看出，两句成反比，可见哀已经脱离了组织，而贝尔莫得在杀死茱蒂父亲时看着只有30岁左右，而茱蒂长大了，她还是只有三十左右，所以，可以解释的就只有：她是AP的第一个实验品，实现了永葆青春，可药性还不稳，才叫来了Sherry帮忙研究，boss也因为她是自己的易容学生加上身手和是AP的成功例子而十分宠爱她，所以，在二元事件之后，才会叫他快回来，因为她是组织的重要人物，而且，要留着她观察副作用有没有，如果被银色子弹毁了就不好了，所以要她快回来，而她之所以要杀死Sherry，也只是应了boss的要求，因为怕她把组织的事泄露出去，所以要杀了她。

　　其二：琴酒的头发从金色变到银白

　　答案：因为他老了

有一个视频被传说是结局，看看吧http://v.youku.com/v_show/id_XOTkyNjkwMTY=.html

这里有个同人版
冬天来了，雪落了一地。望着漫天飞舞的雪花灰原放下了手中的咖啡杯转身走到了地下室.自古以来,雪就很少被人看好过,无论它们是多么纯洁,晶莹,美丽.每次下雪,好象都是不好的预兆呢.灰原的手不住的敲打着键盘.脑海里却止不住回忆起几次与组织对决的过程;工藤,我像是感觉到了一种另人讨厌的气息.
雪越下越大,将整片大地染成了白色. 空中一片片打着旋儿飞舞着..."今年,这雪可真大.小兰.给我拿瓶酒来.'毛利躺在沙发上,眼不离电视.
“不行，你已经喝了3瓶烧酒。”小兰插着腰道。顺手整理了一下乱七八糟的桌面：“爸，有信件。好象是叫您去参加婚礼。”“这么冷的天谁爱去谁去”毛利懒洋洋的说。“是一个小林秋之的人寄来的。”小兰边说边拆开了信件。“小林秋之，小兰快念来听。“‘叔叔，您认识他呀。”柯南假装好奇的问道。“她就是那家新开酒店的老板，她们家的酒真不赖。”毛利道。“想必，她人长的不错。”柯南故意道。 “这你就错了，她长的，那个叫动人，妖媚。”说着毛利的眼中已经爆出了两个心“小兰，快读啊！”毛利催促道。 “哼，你自己看。”小兰丢下信件气呼呼的甩在毛利的头上…

两天后，毛利带着柯南和小兰一起去了信上的指定地点——皇后大酒店。这家酒店有15层高装修的很精致。门口站着几个接待礼仪小姐还有几个保镖在四周走来走去。 “这不是小五郎吗？”只见一个身穿和服的女子朝他们走了过去“秋之小姐，你今天很漂亮。”“多谢，来我们进去吧。”秋之边娇笑手边要挽住毛利的手臂。“请让一下。”小兰豪不犹豫的挡在前面。毛利“想必这二位就是令千金和柯南吧。”秋之俯下身子摸了摸柯南的头道 “真可爱。”柯南突然感觉到有什么东西掉入了自己的口袋。“三楼请。”说完，秋之又看了柯南一眼。
“新娘，新郎到了。”顺着众人的声音，一位仪态万姿身着红色宽大的和服的女子挽着一位着西装的男子款款走来。司仪上台拿着话筒，不等她发话。两人就搂在一起,但新娘显的有些害羞不敢吻下起。“吻，吻，吻。”周围的人都叫着，新娘的脸更是羞的通红。幸好司仪小姐拿了话筒道 “看样子，新娘子很害羞。这样吧，请新娘和新郎为双方的父母和各位来宾敬酒。”优美的婚礼进行曲响了起来，新娘和新郎笑着为双方的父母敬酒后，又举着酒杯来到每一桌前…突然， “啪。”的一声，四周一下子变的漆黑。“这是怎么回事？”人们抱怨着。黑暗中；有人拿起打火机，也有人拿起手机照着。 “大家，不要慌”司仪道“很抱歉发生了这种事，我会立刻和服务台联系。”“喂，仁山我这里怎么停电了？哦，这样啊，好的…” “请大家放心，只是保险丝断了。”司仪道。‘啪’的一声，四周又亮了起来。 “樱子！”新朗大惊。人们顺声望去只见新娘倒在血泊之中….. 毛利走上前去试了一下鼻息，摇了摇头“樱子！”新郎越发悲痛起来“小兰，快去报警。”毛利吩咐道。“大家…”“快去捉凶手！”有人叫起来 “刚才停电时，我从手机的灯中看见一黑衣人从门口经过。”“对，我也看见了。”许多人喝道。“那还等什么。追”毛利首先跑了出去。毛利很快又跑了回来“凶手往哪方向跑的？” “右边。”“好，大家留在原地。柯南，小兰走。”右边尽头是电梯，电梯停在15层。 “追！”毛利喊道。“叔叔，你有没有看见一黑衣人上电梯？”柯南问一旁的工作人员。“没有。”“那停电后谁上了电梯？” “总经理和他的助手，他今天刚丛国外回来，把车子搭在门口就直接从一楼上去了。” “其他人有没有上下电梯？”“没有。” “哦，谢谢。”柯南跑开了。 “柯南，你问那么多干吗？上电梯。”毛利道。“叔叔，我觉的没必要上。凶手不是那人。”“也对。”毛利想了想说。

毛利回到了酒厅，日暮早已等待在那。“日暮警长…”不等毛利说完日暮接了上去“毛利，你是不是被死神附身了？说说，你的看法吧。” “这是一件他杀案。”毛利道。废话，柯南心里冷哼“大致情况我已解。”日暮道。“没追到。”毛利垂头丧气道。 “我命人四周搜索也没有人，光是黑衣这点太模糊了。”日暮道。“警长，请命令封锁出口。”柯南道“我刚才在门口的保安处得知停电前到现在都没人离开。只有龙之总经理和他的助手从外面进来。”“这倒也是。千叶，传我的命令封锁所有出口。”日暮说。“是！”“验尸官。”日暮叫道。“是，死者是29岁的下田樱子，死于枪机而且是近距离的。并且是一枪毙命。”柯南绕着大厅走着；凶手到底在哪？这个饭店只有一架封闭式电梯。能在黑暗中射中，并且不让她发出声音，只有这几个人。柯南的眼睛快速的扫过当时离樱子最近的几个人，但他们离她太近了有硝烟反映也不足为怪。还有那黑衣人也是解不开的迷。除了柯南，日暮，毛利都想到了但还是束手无策。而其他人乱成了一团，特别是被怀疑的几个更是变本加厉。“别吵了，今天是樱子的忌日。”新郎好不容易从悲伤中回过神来。“装什么样子啊，富田。别人不知道我还不知道吗？”一个头剃的精光的人道“你们是被迫成亲，我记得你好像有个老相好。”“水涞，你给我闭嘴不许你玷污我和樱子的恋情。” “恋情？我记得某人把樱子当成了某人，搞坏了…”又一人讽刺道。 “千户，你的嘴是不是…”富田一拳挥出，突然停在半空中，接着脸色变的很难看全身痉挛一阵，倒在地上一动不动。“富田！”周围惊叫起来。验尸官上前一步“氢酸钾中毒。”眼看一对即将结合的连理竟然同赴黄泉。而凶手却不知在何处冷笑着，计划着他的杀戮….想到这些不禁让人毛骨悚然。死亡的气息压抑，充斥着在场每一个人，谁也不知道这幕后的黑手又会伸向谁。柯南走到樱子面前蹲下了去；衣服上有点湿，这个味道是——酒。这么说樱子更本没喝酒，为什么？是没喝还是不能喝？不能喝…柯南信步走出了大厅却正好听见服务台的领班在教训员工“怎么搞的？居然连蛋糕也送错。”“对不起，可今天负责操纵的是川雨。”一人接口道。“不要把什么事都往川雨身上推，送蛋糕的吉祥物走错了地方，你们也该发现。”领班的声音过大连毛利和日暮都听见了。“我知道凶手是谁了！”毛利兴奋的说“司仪小姐小泉川雨，你是不是负责操纵送蛋糕的吉祥物？”“对，可这又能说明什么？”小泉川雨愤怒道。“太简单了，你对吉祥物改装一下，利用它来杀樱子。”毛利得意的说 “大家看见的黑衣人就是吉祥物，你先给它蒙上黑外套，再在厨房的烤炉上绑上铁丝。我问过服务台，今天订蛋糕的只有一份就是樱子这里。”毛利得意的举着手中的铁丝道。 “不愧是叔叔，真聪明。”柯南赞赏道。“天下没有什么事能难住我毛利小五郎。哈哈…”毛利插腰道。“可我想问电力恢复时，吉祥物套着黑外套不被人发现吗，川雨小姐可是没有离开这大厅过。”柯南当头给了毛利一棒。“这，…”毛利干笑着走开了。 “叔叔，你过来看，樱子的衣服上有点湿。还有地板上有酒味。”柯南提示道。“有什么关系，那准是樱子倒下时打翻的。”毛利道。柯南摇头-——对牛弹琴啊。“长官，我们在外面找到了枪。”一警察道。“报告，找到吉祥物了，但没有改动装置，也没有硝烟反映。”另一警员道。柯南看了吉祥物一眼，果然如此！“秋之小姐，你有没参加在婚礼的宣誓？”柯南问道。“参加了。”“那他们是不是…”“对，你怎么知道的？”秋之好奇起来。柯南笑了一下就跑开了…“高木警官，这是小五郎叔叔让我交给你的。”高木接过柯南手中的纸条就走，这种事干多了

“警长，这个人说他知道凶手是谁。”一个肥胖的男子走到人们面前。“你知道？”“是的，我知道。我叫竹内百生，是这个酒店的蛋糕师傅。凶手是川雨，她是富田的前任女友，利用我贪钱的性格，她要求我在她发短信的时候让我烤蛋糕。”说着，竹内百生递上了他的收机。 “果然是停电前一分钟发的。”日暮道。 “但这能说明什么，最多是我错发短信。”川雨道。“那铁丝上可有你的指纹。” 毛利插口道。“顶多，我弄停电。”“为什么弄停电？”日暮道。 “我是他前任女友，气不过富田甩我。所以….” “没错，你不是凶手，你是帮凶。”人们寻声望去只见毛利低着头，坐在椅子上“哇，沉睡小五郎啊！” 不少人惊讶道。“真正的凶手已经不在了，但帮凶还在。”毛利突然道“川雨小姐对吗？”川雨吓了一跳道“怎么可能，我看您在说胡话吧。”“竹内先生的话已经证明了你弄停了电，今天是由你来操纵送蛋糕的吉祥物。警长，我看有必要重现一下案发当时。”“啪。”的一声，四周一下子变的漆黑。黑暗中；有人拿起打火机，也有人拿起手机照着。“黑衣人！”有人叫道。“啪。”的一声，电力恢复，人们看清；一个如正常人大小的人偶，站在门口。“这就是，这家饭店送蛋糕的吉祥物，今天是由你负责操纵它。”川雨强辩道“这也不能证明我是帮凶。我只是想给他们制造点麻烦。”“富田不喜欢撄子对吗？”毛利语出惊人“他只是假装同撄子相好，然后杀了她。川雨小姐你能告诉我为什么那么巧刚好在富田杀樱子的时候，你在捣乱？” “为什么说富田杀她？”川雨问“指纹。”毛利道。“毛利先生，没有指纹。”高木提醒道。“在场的人除了富田和樱子都没带手套。” “那富田是怎么死的？”有人追问道。“高木警员，我叫你查的呢？”毛利问。“在新娘的化装间，有一支被削了不少的口红。上面含有少许的氢酸钾。” “难道，她在口红里掺入氢酸钾？”小兰道“在接吻的时候，可是…”“他们在教堂接吻过，这就解释了为什么撄子不肯再吻，顺便说一下，酒都被撄子倒了，她的衣服有点湿，是倒酒的时候不小心沾上的。宽大和服正好遮住，她假装喝酒的过程。”“警长，地上有好多酒渍。”一警察道。…

几天后，阿笠博士家的地下室“我基本上确定，这就是APTX—4869。”灰原道。 “这么说…”柯南很兴奋。 “解药研制出的的可能性很大，可是她为什么把这药给你。在组织中，能随意拿到这药的人很少。”“我明白，也调查过，她的身份，地址，名字全是假的。甚至，我怀疑她的脸都是易容了。”柯南道。 “工藤，你是说，我们危险了。”灰原警惕的说。“也不一定，我们怎么看还都是小孩子。”柯南故做轻松。“那家酒店叫什么，算了，肯定关门了。”“就叫那家啊，门没关只是换了个老板。”柯南道。“组织到底想干什么？”灰原道。 “我也不清楚，一切还是未知数。”柯南道。 “我们该干些什么？”灰原问。 “先研制解药好了。”柯南语气很平静，但是谁都看的出他眼中复杂的神色。灰原叹了口气“你就那么着急和她见面？”“她已经等的很久了。”柯南尽力使自己平静下来。一种失落，划过哀的心头 “弱水三千，你确定只要那一瓢吗？”“是的。”他的眼中没有一丝的犹豫。“我需要安静的去研究，你出去，别打扰我。”哀淡淡的说。他还是要离开，他的心从来也没有给过我。灰原无力的靠在门背后；妒忌？那是早已经过去的事，遗憾；他本来就不属于我，吃醋；有什么好吃的？归根到底还是三个字；舍不得。工藤，我已经无可救药的爱上了你，爱的不能自拔。明知道，你的心让她占的满满的，却还是不愿意放手。情愿你是江户川柯南而不是工藤新一。行了，研制药好了，自己什么时候变的那么婆婆妈妈的…哀一边打开了电脑，一边摆弄化学仪器…

正当哀研制着药的时候，帝丹高中正在上课；老师正在台上费力的讲立体几何，台下一片昏昏欲睡。小兰抬头望着窗外；几朵白云漂浮在空中…看着，看着新一的脸好象又出现在空中。小兰痴痴的想；新一在昨晚的短信里说，很快就回来了。虽然，他用很快就回来了作为借口但是这次，我有感觉;他好象真的要回来了.
“小兰姐,我回来了.”柯南道。“柯南，晚饭快做好了，你等一下。”“我饿了么。”柯南故意拖着长长的声音撒娇；现在不利用，以后可没这机会。小兰点了他的鼻子一下“马上就好，小谗鬼。” “唔，小兰姐姐的手艺真好。”柯南边吃边说。“说吧，柯南想要些什么？”小兰问道。“没什么，阿笠博士做了个玩具叫我过几天去玩，很好玩的。”“好了，去吧记得早点回来。”小兰叮嘱道。“知道了，小兰姐。”….
“怎么样，还不过是个小孩子。”黑暗中有人不故一屑道。“伏加特，这个孩子太早熟了。”Gin吸了口烟道。“干掉他吗？”伏加特问。“优秀的人才，如若不能为我们所用就得死。”Gin狠狠的把烟灭掉。“好办，他一出门我就爆了他。”伏加特抬起了枪。突然他感到自己的头上被什么抵住了。“老大…”“这是市区，毛利小五郎也不是简单的货色。”突然，Gin盯着从车前经过的一名女子一言不发，“老大，老大…”伏加特叫了几声又道“那女的是够性感的，也很迷人。”Gin沉默了一下道“伏加特，倒车。” “不去杀那孩子？”“暂时不用动手。”

虽然非原创，但也请大家顶一下，谢啦

《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。

第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！

第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！

第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。

第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。

第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”

第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。

第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。

第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
网上有的
不知道是不是真的
青山刚昌说会是出乎所有人意料的
选我

其实早就已经有太多提示了，你们竟然视而不见，你们都被坏人的伪装欺骗了。其实黑衣人的真正首脑，就是一直隐藏在柯南他们身边的阿笠博士，Doctor Lee。
我一直以为是毛利叔叔，虽然我很崇拜他，但是那天细心分析后我突然发现，原来真正的凶手竟然是憨厚的：阿笠博士。可能有人早怀疑：
为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦？
为什么新一的父母不关心儿子的情况？
为什么工藤优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落？
为什么阿笠的发明很强但是不出卖，且从来不工作也不缺钱花？
为什么他想要什么资料都能够找到？
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用？
为什么只要柯南他们和阿笠出去野营就会遇到危险？
包括哀的出现都很可疑，当时只说哀晕倒在阿笠家门口。
其实事情是这样的，优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织，以小说家的身份为掩护，秘密调查，发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家隔壁住，并且从小培养新一开车、打枪和推理能力，并派新一和阿笠混熟，想借此侦察一些情报，于是新一在不知情的情况下被利用了。
当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，要不然难道GIN他们是因为喜欢才坐过山车的吗？在吸引新一注意以后，他们假装交易，阿笠扮演的就是那个交易的商人，一切不露痕迹，于是新一也就被他们变成了柯南。于是阿笠顺理成章的成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成为了阿笠手中的人质。
当时新一的父母第一次出现那集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠用柯南作要挟，要他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感觉受骗，受到伤害，只能同意阿立的要求，不再回到曰本。所以你们看优作只有在103 集的时候回过曰本，还是变妆的，不能让阿笠发现。为什么阿笠认识灰原哀的父母？其实APTX-4869就是阿笠和哀的父母联合开发的，而成功以后哀的父母意外身亡。
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用。但是，突然一天，优作和有希子突然潜回曰本，和柯南(103~104集) 秘密接触，让阿笠感觉受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边，那就是哀。灰原其实是APTX-4869的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反，产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生以后，哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选。
为什么柯南从来没有被骚扰过，就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下，根本必要监视。其实警界奇才特别行动人员毛利小五郎，也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击妃英里事件只是借口，所以后来暮目说毛利总把他们引向歧途，其实是毛利掌握了案件的真相，只不过暮目不理解罢了。
毛利和优作两个年富力强的超人侦探，一直跟阿笠及黑衣组织周旋，可怜新一和服部这几个小毛孩子都不知道，还以为自己是什么明星侦探，真的很可笑。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太为晦涩，所以没几个人看出来。其实“阿笠”这两个字，如果拆解成“阿竹立”，用曰文反过来拼写，就是拉丁文里面的“莫里亚帝”，所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授

你知道吗