事业单位转让核销长期股权投资的账务处理如下：
事业单位因被投资单位破产清算等原因，有确凿证据表明长期股权投资发生损失，按规定报经批准后予以核销。
将待核销长期股权投资转入待处置资产时，按照待核销的长期股权投资账面余额，借记“待处置资产损溢”科目，贷记“长期投资—— —长期股权投资”科目。报经批准予以核销时，借记“非流动资产基金—— —长期投资”科目，贷记“待处置资产损溢”科目。
由于长期股权投资发生损失处置按规定报经批准后予以核销，这需要一个过程，也通过“待处置资产损益”科目进行长期股权投资发生损失的核算，作为两笔会计处理，不直接确认，进一步体现了核算的准确性。
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