在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准：
i）FoldChange
FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。可以用RPKM值来计算，关于RPKM的计算方法，请参考
ii）FDR校正后的p-value，即q-value
FDR值的计算方法如下：
1）对每个基因进行p-value的计算
假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本一中唯一比对到基因A的总reads数为x，样本二中唯一比对到基因A的总reads数为y，则基因A在两样本中表达量相等的概率可由以下公式计算：
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