Windows Server 2003支持FAT16、FAT32和NTFS文件系统，同时也支持CDFS（光盘文件系统）和UDF（通用磁盘格式）。 NTFS文件系统的安全性高于FAT文件系统，支持域的管理、支持文件权限分配、支持磁盘配额管理、支持动态磁盘管理、支持更多的系统后台特性、支持数据EFS加密和压缩功能、支持更大的磁盘分区（2TB）。但缺点是兼容性不好，DOS、Windows9x/me均不能直接访问NTFS分区。
