1、染色可以使细胞的结构显示得更加清楚，但是染色剂对活细胞的生物活性往往会有很大影响，有时甚至是致死的。例如如果要使细胞染色体成功染色，就要改变其细胞膜的通透性（一般使用盐酸），这样一来，细胞就死亡了。如果细胞本身带颜色，植物居多，而这些带色物质正是要观察的，如观察番茄的有色体，紫色洋葱的液泡，叶绿体等，或是细胞的膜脆弱不适染色，如动物的变形虫，还有虽然也是无色但是观察的组织由于含水量不同有不同的折光率，如芹菜茎的机械组织观察，就不需染色。
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