如果是双方协议，补充协议与原合同不一致的，以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。如果是三方协议，那么其中两方达成的补充协议，只对签订补充协议的两方发生效力，有冲突的，按照补充协议执行。没有签订补充协议的第三方不用遵守补充协议，仍然按照原来的合同执行。
