畸形瓜的发生，是由授粉受精不良，肥水供应失调和天气多变引起的。
首先，黄瓜果实的发育是受种子发育影响的，授粉受精良好时种子发育均匀，果实均匀膨大，果形齐整；若授粉受精不良，种子发育参差不齐，则胚珠胎座组织发育不均匀，形成畸形瓜。纵切瓜剖面可以看出，凡是缺种或少种部位就是发育不良部位。
此外水肥供应失调、环境条件多变，也是形成畸形瓜的主要原因，例如前端尖细的尖头瓜，就是幼瓜发育后期肥水供应不足，营养缺乏造成的，或因幼瓜发育后期遇到低温、弱光，光合效率低，有机营养供应不足造成的。
预防畸形瓜的发生，必须注意：调控好温室内的温湿度；平衡并满足肥水的供应，均衡营养生长与生殖生长的关系，维持植株健壮、不徒长的旺壮势态；增施二氧化碳气体肥料；喷施天达2116等叶面肥，提高植株的光合效率，增加有机营养的生产与积累，才能不发生或少发生畸形瓜。
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