这个其实很简单，只是逻辑要通顺。
我给你perl的解决思路：
首先，你要确定你的fasta文件的内容的规律性。比如每段序列的开始是不是都会有一些特殊的标志。那么可以用next函数，将这些不是序列的内容跳过。
然后开始读取每一行，将每一行的内容串联起来，直到读取到下一段序列开始的标记
（该处使用if判断，如果读到标记就停止记录，可以有个好办法，你前期使用一个$num,前面读取的每行都串联给$seq,然后当你判断到标记符号出现以后，让$num++,并把$array[$num]=$seq，此处要注意一下，这里还要记得让$seq为空一下否则会出大问题的 ,然后就可以记录此条序列并进入下一条序列的读取了）
如此反复判断读取，最终可以将每个序列都读取出。
只要发现规律，有了思路，读取序列简直是分分钟的事情，思路以及发现规律性最为重要。
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