近亲结婚是会影响第三代的。所谓近亲结婚，指的就是三代以内直系的亲属去进行通婚，因为是近亲，所以三代以内都会有共同的先祖，这些人群去进行通婚后，所产出的后代容易出现一些遗传疾病。而且如果结婚的对象之间关系越亲近，那么他们下一代患有遗传病的风险就会越大。旁系血亲是指非直系血亲而在血缘上和自己同出一源的亲属。所谓三代内的旁系血亲，是指从自己上溯至同一血源的亲属，再向下数两代。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一千零四十八条直系血亲或者三代以内的旁系血亲禁止结婚。
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