《本草纲目》的“金石部”论述了134种矿物药。其中论及金、银、铜、铁、锡、锌等金属的产地，开采，冶炼方法以及它们的多种化合物。论及了白玉、青玉、珊瑚、玛瑙、宝石、水晶、云母、石英等的产地、种类和特征。论及了丹砂、水银、雄黄、石膏、大理石、滑石、石脑油(石油)、石炭(煤)、曾青、胆矾、砒石、金刚石等的产地，采炼方法、物理和化学性质等。还论及了食盐、卤硷、朴消、消石、蓬砂、绿矾等产地，提炼方法、性味功效等。这里面不仅有丰富的矿物学知识，同时也包括有许多冶金和化学的知识，是化学史研究的重要资料。
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