公司当方解除劳动合同，随后让签署的是协商解除劳动协议，最后离职证明是辞退，请问协议是否有效？

协议书一经双方合法且公平自愿签订即为有效，如果公司是违法辞退员工的话是需要支付法律所规定的经济补偿的二倍。
《中华人民共和国劳动合同法》
第四十条 无过失性辞退
有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
第四十二条 用人单位不得解除劳动合同的情形
劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：
（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；
（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；
（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；
（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；
（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；
（六）法律、行政法规规定的其他情形。
第四十六条 经济补偿
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
第四十七条 经济补偿的计算
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
第四十八条 违法解除或者终止劳动合同的法律后果
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
第八十七条 违反解除或者终止劳动合同的法律责任
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
《中华人民共和国合同法》
第四十四条 合同的生效
依法成立的合同，自成立时生效。 法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
第五十二条 合同无效的法定情形
有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。

协商协议是有效的，离职证明上成了辞退，如果协商的经济补偿与签的协议一致，那就是单单一个离职证明的问题，可以去人事出的证明要求更改为辞职或协商离职等，如果是签的协商补偿没有，那就拿协议到劳动局劳动仲裁就行，可以多条起诉指出多条违反劳动法的，比如违规加班，安全环境劳保不达标，可以赔偿的。

离职证明应该开协商解除合同而不是辞退，仅此而已，你可以让他重新开具证明。协议有效因为你签了字了，不可能再要更多的赔偿。协商解除合同看着体面一点，而且怎么理解也行，也可以理解为辞职但用人单位愿意给你点补偿，也能认为是你和用人单位双方共同的意愿，当然也可以认为是辞退。

既然你已经签署协商解除劳动合同的协议书，那么就代表你认可是单位与你协商一致解除劳动合同，也认可协议上的经济补偿金金额。除非你有证据证明你签署这份协议是受胁迫或者受欺骗而签订的，但是一般情况下你是拿不出证据的，也就是说没法推翻这份协议。

协议有效，离职证明有问题，并且可诉，如果不能接受离职证明上面的原因，建议仲裁或者起诉，获胜的可能性很大