在方法论上,宗教学吸收了现代自然科学和社会科学的重要成果,把语言学、考古学、心理学、地理学、社会学、民族学、人类学、哲学、历史学等作为自己宗教研究的辅助学科,借鉴并采用了这些学科的一些基本范畴和方法,使彼此有了交叉互渗的关系。宗教学通行的研究方法主要为纵向描述、横向比较、以及现象学探究和精神分析方法。纵向描述着眼于时间意义,即对宗教发展的历史作尽量客观的叙述,以编年史的顺序来描写某一宗教或整个人类宗教的发展阶段、演变过程及兴衰史实,勾勒出宗教沉浮、变迁的整体连线。横向比较则立足于空间意义,即注重宗教在空间地域上的不同和形式种类上的多样,通过对不同宗教的比较而找出宗教的共同本质和意义,展示宗教的典型形式和具体特征。一般来看,这种横向比较包括形式上和内容上的比较。前者涉及对宗教发展形式及其结构形式的比较,这种结构大体为宗教的社会结构(如宗教组织、团体和机构),宗教的理论构成(如宗教中的神话、教义、学说),以及宗教的实践模式(如宗教礼拜、祈祷、献祭等仪式)。后者则寻求各种宗教在内容上的一致性,以便从不同宗教中找出共同的、本质的东西,如神灵观念、虔敬心理、信仰行为、神圣结社等。现象学探究方法是一种更为抽象、更具有本质性的比较研究方法,它借助于近现代西方哲学中现象学和诠释学的理论,主张根据宗教的本质结构来洞观宗教,即不依赖于宗教现象在时空中的位置和它对外在文化环境的依属来阐明这些现象,因而称之为中止主观判断的形象直观或本质直观。精神分析方法则从人的意识领域深入到潜意识领域,剖析人的“本能”对其精神生活和宗教行为的影响与支配,这种精神分析从弗洛伊德侧重个人宗教心理和信仰精神问题而又发展到荣格对宗教社会性、集体性潜意识活动的分析研究。