A、自然选择是通过改变种群的基因频率达到种群的进化，其选择过程是作用于个体而影响种群基因频率，A正确；
B、自然状态下，不同物种之间，由于存在生殖隔离，因此不能相互交配或通过相互交配产生可育后代，B正确；
C、喷洒农药是一种定向的自然选择，而抗药基因是通过自然选择选择出来的有利基因，因此害虫种群的抗药基因频率提高，C正确；
D、共同进化就是同种生物之间、不同物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断进化和发展，不只有种间关系，D错误．
故选：D．
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