请教一下什么时候办离职手续，不影响经济补偿金的申请？

你是想通过仲裁得到补偿金还是要求补发工资？你自己申请离职，是没有补偿金的，但拖欠的工资是必须补发的。如果不补发，则可以向劳动部门提起申述，要求补发拖欠的工资。补发拖欠的工资与要求经济补偿是两件不同的事情，不要搞混了。只有当你的诉求与公司的答复不同时，你才可以到劳动部门去申请仲裁。

如果劳动者是被用人单位无故辞退的，虽然办理了离职手续，只要是在一年之内，并且劳动者本人没有写辞职书的前提下，都是可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付其赔偿金的。
用人单位解除与你的劳动关系（或者说辞退、开除你）分以下三种情况，你自己对照下属于哪种情况，应该支付经济补偿或赔偿而没有支付给你的，可以在1年内申请劳动仲裁维护自己的合法权益：
1、用人单位与你解除劳动关系，没有任何理由，也没有支付任何经济补偿的，你没有过错不存在《劳动合同法》39条规定的情形，可以认定该用人单位行为属于《劳动合同法》87条规定的违法解除劳动合同情形，应该支付你赔偿金，即每工作一年支付你2个月的本人工资，2N；
2、用人单位依据《劳动合同法实施条例》第19条规定情形与你解除劳动关系的，其中符合《劳动合同法》46条规定的，应该支付你经济补偿金，即每工作一年支付你一个月本人工资，N；符合《劳动合同法》第40条，并且没有提前1个月通知你的还应多支付1个月工资作为代通知金，N+1；
3、你存在《劳动合同法》39条的规定的情况，用人单位与你解除劳动关系的，不需要支付任何经济补偿，也不需要提前通知你；但是，这需要用人单位举证并且书面通知你解除劳动关系。
相关法律依据：
《劳动合同法》：第39、40、46、47、87条
《劳动合同法实施条例》第19条