常见的主要颜色：以透明至白色较普遍。也有极少数颜色鲜亮质地通透的品种，尤以金黄色最为罕见。
其余的比如红，绿，蓝，紫等也都有少数产出，但是因为此类颜色的宝石品种较多，所以均不及金黄色玉髓所受青睐。如新发现的品种“金水菩提”就是一个比较典型的品种。
人们通常将玛瑙与玉髓混淆，但是只要了解相关知识后就很容易辨别了。虽然玉髓与玛瑙的构成物质同属于石英（主要是二氧化硅）但是也有很明显的区别的。因为形成的条件不同，所以内部结构也大有区别[1]。玉髓属于含水石英的隐性晶体，这一点与水晶更为接近，但是玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体。所以玉髓的通透感极强，而玛瑙与之相比就逊色得多了
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